有个脚本一运行就报错，大家看看是什么问题？在线等

afukada

我囧

你的用法要

到資料夾底下

然後執行"perl get_TF_seq.pl gene_annotation.gff3 query_ID.txt genome_sequence.fa"

這樣懂了嗎?

321wangke321

afukada 发表于 2014-09-11 18:31
我囧

你的用法要

是的，放在同一个文件夹下，cmd运行perl脚本。

afukada

我剛剛試了一下

依照這個寫法

在query_ID.txt內如果有不存在的ID

或是超過genome_sequence.fa定義的長度

是會有錯

但是跟你敘述的狀況完全不同

你貼上來的圖看起來是你使用方法有錯

所以你到底是哪個部份的問題?

321wangke321

afukada 发表于 2014-09-11 18:53
我剛剛試了一下

依照這個寫法

你试了不是这样报错，这就奇怪了。是perl版本的问题吗？

chenhao392

1.
提供测试文件，请自己检查是否给对了...
那个query gene ID 就不在你给的GFF注释里！！！

2.
问题已经找出，你准备的Genome文件是在Windows下生成的，给你写代码的人用的是Linux.....
换行符不一致....Line 69 加个chop就好..

1.     while(<FILE>)
   
2.     {
   
3.         chomp;chop; #Line 69
   

复制代码

321wangke321

chenhao392 发表于 2014-09-12 00:43
1.
提供测试文件，请自己检查是否给对了...
那个query gene ID 就不在你给的GFF注释里！！！

高人！！！我是在windows下运行的perl，程序也是在linux系统下编写的，但是perl脚本应该是跨平台运行的。我按照你说的在line67加了chop了，还是出现相同的报错。求进一步指点。

afukada

Use of uninitialized value $ARGV[0] in string at get_TF_seq.pl line 5.
readline() on closed filehandle GFF at get_TF_seq.pl line 7.
Use of uninitialized value $file in open at get_TF_seq.pl line 63.
readline() on closed filehandle FILE at get_TF_seq.pl line 65.
Use of uninitialized value in open at get_TF_seq.pl line 19.
readline() on closed filehandle TF at get_TF_seq.pl line 20.

這是你的錯誤訊息

第一行 Use of uninitialized value $ARGV[0] in string at get_TF_seq.pl line 5.

意思是你沒有給他參數

這樣你懂我在說什麼嗎?

這是你要用這個東西的正確方法: get_TF_seq.pl gene_annotation.gff3 query_ID.txt genome_sequence.fa
                                                              $ARGV[0]                    $ARGV[1]      $ARGV[2]

你是用: get_TF_seq.pl

這樣比較你知道你問題出在哪裡了嗎?

為了讓你更清楚

給你圖

jason680

回复 16# 321wangke321

you need to study how to use program ...

C:\bat>type hello.pl

use strict;
use warnings;

print "Hello $ARGV[0]\n";

C:\bat>perl hello.pl
Use of uninitialized value $ARGV[0] in concatenation (.) or string at hello.pl l
ine 5.
Hello

C:\bat>perl hello.pl world
Hello world

   

321wangke321

afukada 发表于 2014-09-12 15:17
Use of uninitialized value $ARGV[0] in string at get_TF_seq.pl line 5.
readline() on closed filehan ...

你的意思是说：程序中标量$ARGV[0]本应该指定的是gene_annotation.gff3，所以才会有出现未定义变量报错。虽然知道问题出在哪，但是不知如何修改程序，perl新手，见谅！

321wangke321

afukada 发表于 2014-09-12 15:17
Use of uninitialized value $ARGV[0] in string at get_TF_seq.pl line 5.
readline() on closed filehan ...

谢谢，终于看懂了。