Newick tree format

xiumu2280

这个帖子所引发的  Newick tree format
http://bbs.chinaunix.net/thread-4154324-1-1.html

这个问题之前被人问到过，因为当时有事，最后不了了之。自己对这个问题也是很感兴趣，所以贴出来，大家娱乐一下。

首先，程序要将括号树读进来，然后，依次输出树的分支。比如一个树包括A，B，C，D四个基因，那么我们要先读进树，然后按照年轻到古老依次输出，基因间距离越大，两基因分开越早，意味着他们分开的越古老。对于基因A来说按照年轻到古老，依次成对输出，对于B来说按照年轻到古老依次输出........直到将树中包含的所有基因都这样循环输出，注意每个基因输出一行，一行中就是一对一对的基因，一对基因就是一个分支。

这是对这个概念的详细解释 ： http://marvin.cs.uidaho.edu/Teaching/CS515/newickFormat.html
这个问题的大概意思就是这样。

举个例子：

(B,(A,C,E),D);

读成进化树为


又一个例子：

(Bovine:0.69395,(Gibbon:0.36079,(Orang:0.33636,(Gorilla:0.17147,(Chimp:0.19268, Human:0.11927):0.08386):0.06124):0.15057):0.54939,Mouse:1.21460)


图上最左边的是最古老的，依次进化，所以是进化树。

关于程序正确与否可以用http://www.trex.uqam.ca/index.php?action=newick 这个网站进行验证

命题即为第二个例子如何

(Bovine:0.69395,(Gibbon:0.36079,(Orang:0.33636,(Gorilla:0.17147,(Chimp:0.19268, Human:0.11927):0.08386):0.06124):0.15057):0.54939,Mouse:1.21460)

xiumu2280

@pitonas  有什么不明白的地方，继续问我···
关于进化的规律，就是按照括号的优先顺序来。自己看一会，可以看明白。

pitonas

my $师傅;
举个栗子吧，我骑过驴，也做开发几年，动辄一个项目代码也要超过百万行规模了。
总而言之，我输出过上百万千万行牛逼闪闪放光芒的数据。

然而这个？啥进化树？输出什么？{:2_170:}

一个图片？或一个文本？
如果是文本？那么这如何显示呢?

不知道 $师傅 可否详细说说？如何输出呢?
再次感谢 $师傅的指导。{:2_172:}


回复 2# xiumu2280


   

afukada

Newick tree format這種格式

利用如TreeView這一類的軟體

TreeView

就可以畫出樹來

xiumu2280

输出哈希树吧 ，直接放Dumper结果可以显示  回复 3# pitonas


   

兰花仙子

几年我做开发,动辄一个项目代码也要超过百万行规模了

我用perl做开发，感觉代码超过100行的时候都不多。

xiumu2280

恩~~ 这个只算是个代码练习 回复 4# afukada


   

xiumu2280

他是在说梦话回复 6# 兰花仙子


   

chenhao392

BioPerl里有一堆相关的Perl代码...
http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Trees#Introduction

pitonas

$师傅 这个输出
我的代码有虫啊。{:2_176:}
我吃过小公猫，吃过小母猫，也吃过豆青虫，上百万，上千万的豆青虫。
但是有一点是肯定的，总而言之，有虫，有虫。

事实上虫就是一切灾难的根源。

(dog:2, (elephant:3, horse:6):2):5

1. 
   
2.      |--2 dog
   
3. -----5
   
4.      |  |---3 elephant
   
5.      |--2
   
6.         |------6 horse
   

复制代码

(Bovine:6,(Gibbon:3,(Orang:6,(Gorilla:7,(Chimp:2, Human:5):3):4):5):3,Mouse:4)

1. |------6 Bovine
   
2. |   |---3 Gibbon
   
3. |---3
   
4. |   |     |------6 Orang
   
5. |   |-----5
   
6. |         |    |-------7 Gorilla
   
7. |         |----4
   
8. |              |   |--2 Chimp
   
9. |              |---3
   
10. |                  |-----5 Human
    
11. |----4 Mouse

复制代码

回复 5# xiumu2280