awk 处理两个文件比较复杂的比较不知道可不可以做到

银风冷月

回复 7# Treywea


其实我们要的是最后结果是如何
m是多少，all是多少
   

Treywea

回复 11# 银风冷月

嗯 通过以上的筛选之后得到  不用awk也可以 可是我不会写T T
   

zxy877298415

回复 12# Treywea
银风大师的意思是说，就这个例子而言你把想要的结果写出来。


   

Treywea

回复 13# zxy877298415


我重新写了一个例子：
a.txt
chr      pos    C  C+T
Chr1   1006    1   3
Chr1   1007    0   2
Chr1   1008    0   2
Chr1   2939    3   5
Chr1   35234   1   1
Chr1   491938  0   0
Chr2   2349    2   2
Chr2   3938    0   4

b.gff3
Chr1   exon    32        1007
Chr1   intro   320       1033939
Chr1   exon   2003       3383
Chr1   exon   32300      39283
Chr2   exin    303       3039
Chr2   exon   2529       332020

有效的pos为:Chr1的1006 1007 2039 35234 Chr2的3938

故算出的答案为m=1+0+3+1+0=5 all=3+2+5+1+4=15

Buring__

看了结果，我竟然蒙对了 好开心啊

zxy877298415

awk 'FNR==NR&&/exon/{a[$1]=a[$1]?a[$1]","$3"#"$4:$3"#"$4;next}FNR>1{split(a[$1],b,",");
for(i=1;i<=length(b);i++){split(b[i],c,"#");if(($2>=c[1])&&($2<=c[2])) {m+=$3;all+=$4;}}}END{print m,all}' b.txt a.txt


   

Looiml

太不好意思了，我1楼的解法把大小于关系修正过来也是对的

1. 
   
2. vic@vic-VirtualBox:~/test$ cat a
   
3. chr      pos    C  C+T
   
4. Chr1   1006    1   3
   
5. Chr1   1007    0   2
   
6. Chr1   1008    0   2
   
7. Chr1   2939    3   5
   
8. Chr1   35234   1   1
   
9. Chr1   491938  0   0
   
10. Chr2   2349    2   2
    
11. Chr2   3938    0   4
    
12. vic@vic-VirtualBox:~/test$ cat b
    
13. Chr1   exon    32        1007
    
14. Chr1   intro   320       1033939
    
15. Chr1   exon   2003       3383
    
16. Chr1   exon   32300      39283
    
17. Chr2   exin    303       3039
    
18. Chr2   exon   2529       332020
    
19. vic@vic-VirtualBox:~/test$ join a b|awk '$5=="exon"&&$2>=$6&&$2<=$7{m+=$3;all+=$4}END{printf "m=%d,all=%d\n",m,all}'
    
20. m=5,all=15
    

复制代码

Treywea

回复 17# Looiml


    可是两个文件不能join啊 会出现join: file 2 is not in sorted order

Looiml

回复 18# Treywea
加个参数呢？

1. join --nocheck-order a b|awk '$5=="exon"&&$2>=$6&&$2<=$7{m+=$3;all+=$4}END{printf "m=%d,all=%d\n",m,all}'

复制代码

Treywea

回复 15# Buring__


    我用你的计算我一整个文件时有问题的额 我也不知道问题在哪里额