文本处理问题

银风冷月

1. a = [x.strip().split()[5] for x in open('PYL5.pdb') if x.startswith('ATOM')]
   
2. f = [x for x in open('PYL5.pdb') if x.startswith('ATOM')]
   
3. for i in range(1,len(a)):
   
4.     if int(a[i])-int(a[i-1]) == 1 or int(a[i])-int(a[i-1]) == 0:
   
5.         pass
   
6.     else:
   
7.         f[i] = 'TER\n'+f[i]
   
8. 
   
9. with open('PYL50.pdb','w') as fw:
   
10.     fw.writelines(f)

复制代码

试试这个如何？

奢侈动车

支持楼主,推荐~~

ch_hoho

awk实现，尝试新的解决方案。

awk 'NR==1{a=$6;print $0;next}{if(a==$6||++a==$6)print $0;else{ print "TER";print $0;a=$6}}'

kooleon

$  awk -F "[ ]+"  'NR==1 {i=$6;print $0;next} {print ($6==i || $6==i+1)?$0:"TER";i=$6}' file1
ATOM    573  O   MET B 110       7.574  -8.751  -3.774  1.00 41.42           O
ATOM    574  N   VAL B 111       7.244  -7.123  -5.328  1.00 41.20           N
ATOM    575  CA  VAL B 111       6.111  -6.471  -4.776  1.00 42.74           C
ATOM    576  CB  VAL B 111       6.348  -4.974  -4.674  1.00 43.45           C
ATOM    577  CG1 VAL B 111       5.257  -4.266  -3.868  1.00  0.00           C
ATOM    578  CG2 VAL B 111       7.740  -4.774  -4.049  1.00  0.00           C
ATOM    579  C   VAL B 111       5.022  -6.999  -5.683  1.00 46.95           C
ATOM    580  O   VAL B 111       4.896  -8.203  -5.503  1.00 55.71           O
TER
ATOM    582  CA  PRO B 116       3.376  -7.544  -7.190  1.00 75.54           C
ATOM    583  CD  PRO B 116       3.417  -5.287  -6.413  1.00 80.36           C
ATOM    584  CB  PRO B 116       2.112  -6.860  -7.716  1.00 74.55           C
ATOM    585  CG  PRO B 116       1.983  -5.596  -6.861  1.00 78.83           C
ATOM    586  C   PRO B 116       4.211  -8.026  -8.313  1.00 73.33           C
ATOM    587  O   PRO B 116       5.059  -8.901  -8.186  1.00 70.39           O
ATOM    588  N   ALA B 117       3.949  -7.422  -9.446  1.00 69.09           N
ATOM    589  CA  ALA B 117       4.764  -7.535 -10.648  1.00 61.56           C
ATOM    590  CB  ALA B 117       3.884  -7.662 -11.887  1.00 60.67           C
ATOM    591  C   ALA B 117       5.680  -6.324 -10.742  1.00 65.02           C
ATOM    592  O   ALA B 117       5.554  -5.488 -11.648  1.00 69.82           O
ATOM    593  N   VAL B 118       6.576  -6.224  -9.765  1.00 61.78           N


嗯。刚才想了下，思路和楼上一相，还是贴出来吧

KoomIer

我都觉得我可以写，哈哈
就是缓存上一个值比较呗

1. 
   
2. [~/python]$ cat PYL5.pdb
   
3. ATOM    573  O   MET B 110       7.574  -8.751  -3.774  1.00 41.42           O
   
4. ATOM    574  N   VAL B 111       7.244  -7.123  -5.328  1.00 41.20           N
   
5. ATOM    575  CA  VAL B 111       6.111  -6.471  -4.776  1.00 42.74           C
   
6. ATOM    576  CB  VAL B 111       6.348  -4.974  -4.674  1.00 43.45           C
   
7. ATOM    577  CG1 VAL B 111       5.257  -4.266  -3.868  1.00  0.00           C
   
8. ATOM    578  CG2 VAL B 111       7.740  -4.774  -4.049  1.00  0.00           C
   
9. ATOM    579  C   VAL B 111       5.022  -6.999  -5.683  1.00 46.95           C
   
10. ATOM    580  O   VAL B 111       4.896  -8.203  -5.503  1.00 55.71           O
    
11. ATOM    581  N   PRO B 116       4.195  -6.511  -6.588  1.00 77.67           N
    
12. ATOM    582  CA  PRO B 116       3.376  -7.544  -7.190  1.00 75.54           C
    
13. ATOM    583  CD  PRO B 116       3.417  -5.287  -6.413  1.00 80.36           C
    
14. ATOM    584  CB  PRO B 116       2.112  -6.860  -7.716  1.00 74.55           C
    
15. ATOM    585  CG  PRO B 116       1.983  -5.596  -6.861  1.00 78.83           C
    
16. ATOM    586  C   PRO B 116       4.211  -8.026  -8.313  1.00 73.33           C
    
17. ATOM    587  O   PRO B 116       5.059  -8.901  -8.186  1.00 70.39           O
    
18. ATOM    588  N   ALA B 117       3.949  -7.422  -9.446  1.00 69.09           N
    
19. ATOM    589  CA  ALA B 117       4.764  -7.535 -10.648  1.00 61.56           C
    
20. ATOM    590  CB  ALA B 117       3.884  -7.662 -11.887  1.00 60.67           C
    
21. ATOM    591  C   ALA B 117       5.680  -6.324 -10.742  1.00 65.02           C
    
22. ATOM    592  O   ALA B 117       5.554  -5.488 -11.648  1.00 69.82           O
    
23. ATOM    593  N   VAL B 118       6.576  -6.224  -9.765  1.00 61.78           N
    
24. [~/python]$ cat Change.py
    
25. #!/usr/bin/python
    
26. import re
    
27. 
    
28. filein = open('PYL5.pdb','r')
    
29. fileout = open('PYL5out.pdb','w+')
    
30. initflag=1
    
31. for line in filein:
    
32.         data=int(line.split()[5])
    
33.         if initflag==0:
    
34.                 if data==lastdata+1 or data==lastdata:
    
35.                        fileout.write("%s"%(line))
    
36.                 else:
    
37.                        fileout.write("TER\n")
    
38.         elif initflag==1:
    
39.                 fileout.write("%s"%(line))
    
40.                 initflag=0
    
41.         lastdata=data
    
42. filein.close()
    
43. fileout.close()
    
44. 
    
45. [~/python]$ cat PYL5out.pdb
    
46. ATOM    573  O   MET B 110       7.574  -8.751  -3.774  1.00 41.42           O
    
47. ATOM    574  N   VAL B 111       7.244  -7.123  -5.328  1.00 41.20           N
    
48. ATOM    575  CA  VAL B 111       6.111  -6.471  -4.776  1.00 42.74           C
    
49. ATOM    576  CB  VAL B 111       6.348  -4.974  -4.674  1.00 43.45           C
    
50. ATOM    577  CG1 VAL B 111       5.257  -4.266  -3.868  1.00  0.00           C
    
51. ATOM    578  CG2 VAL B 111       7.740  -4.774  -4.049  1.00  0.00           C
    
52. ATOM    579  C   VAL B 111       5.022  -6.999  -5.683  1.00 46.95           C
    
53. ATOM    580  O   VAL B 111       4.896  -8.203  -5.503  1.00 55.71           O
    
54. TER
    
55. ATOM    582  CA  PRO B 116       3.376  -7.544  -7.190  1.00 75.54           C
    
56. ATOM    583  CD  PRO B 116       3.417  -5.287  -6.413  1.00 80.36           C
    
57. ATOM    584  CB  PRO B 116       2.112  -6.860  -7.716  1.00 74.55           C
    
58. ATOM    585  CG  PRO B 116       1.983  -5.596  -6.861  1.00 78.83           C
    
59. ATOM    586  C   PRO B 116       4.211  -8.026  -8.313  1.00 73.33           C
    
60. ATOM    587  O   PRO B 116       5.059  -8.901  -8.186  1.00 70.39           O
    
61. ATOM    588  N   ALA B 117       3.949  -7.422  -9.446  1.00 69.09           N
    
62. ATOM    589  CA  ALA B 117       4.764  -7.535 -10.648  1.00 61.56           C
    
63. ATOM    590  CB  ALA B 117       3.884  -7.662 -11.887  1.00 60.67           C
    
64. ATOM    591  C   ALA B 117       5.680  -6.324 -10.742  1.00 65.02           C
    
65. ATOM    592  O   ALA B 117       5.554  -5.488 -11.648  1.00 69.82           O
    
66. ATOM    593  N   VAL B 118       6.576  -6.224  -9.765  1.00 61.78           N
    
67. 
    

复制代码

回复 3# 893932098