求大神~有程序不会写。。。

G比蒙

5条序列
1、CTATATAT
2、CTATATAT
3、ATATATAT
4、ATATATAT
ck、ATATATAT
第一个位点有2个C，3个A，那么第一个位点突变率是50%（除去CK）。
那么问题来了，现有80个长度为300k的序列，我想把每一个位点的突变率求出来，并排序。应该怎么写？
求大神！

G比蒙

序列中有gaps，N

huang6894

回复 1# G比蒙

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. 
   
3. my (%h,%ck);
   
4. while(<DATA>){
   
5.         chomp;
   
6.         my($kn, $seq) = (split /、/);
   
7.         my @all = (split //,$seq);
   
8.         if($kn eq 'ck'){
   
9.                 map{$ck{$_}=$all[$_]}(0..$#all);
   
10.         }else{
    
11.                 map{push @{$h{$_}},$all[$_] unless $all[$_] eq 'N';}(0..$#all);
    
12.         }
    
13. }
    
14. 
    
15. foreach my $i (sort keys %h){
    
16.         my $num = grep/$ck{$i}/i,@{$h{$i}};
    
17.         my $ratio = get_ratio($num, @{$h{$i}});
    
18.         print "$i\t$ck{$i}\t$num\t$ratio\n";
    
19. }
    
20. 
    
21. sub get_ratio(){
    
22.         my($num, @all) = @_;
    
23.         my $a = scalar @all;
    
24.         sprintf( "%.2f", 1 - $num/$a ) * 100 . '%';
    
25. }
    
26. __DATA__
    
27. 1、CTATATAT
    
28. 2、CTATGTAT
    
29. 3、ATATNTAT
    
30. 4、ATATATAT
    
31. ck、ATATATAT

复制代码

G比蒙

谢谢大神！！