免费注册 查看新帖 |

Chinaunix

  平台 论坛 博客 文库
› 论坛 › 程序设计 › Perl › 求问怎么跨行整合区间
最近访问板块 发新帖
查看: 2413 | 回复: 4
打印 上一主题 下一主题

求问怎么跨行整合区间 [复制链接]

qianyemlf

论坛徽章:
0
跳转到指定楼层
1楼 [收藏(0)] [报告]
发表于 2015-01-26 08:19 |只看该作者 |倒序浏览
本帖最后由 qianyemlf 于 2015-01-30 12:31 编辑

数据格式是样子的

  2. scaffold0001        transdecoder        exon        71375        73199        .        +        .        transcript_id "asmbl_61224|m.180"; gene_id "asmbl_61224|g.180"; gene_name "ORF";
  3. scaffold0001        transdecoder        CDS        72547        73014        .        +        0        transcript_id "asmbl_61224|m.180"; gene_id "asmbl_61224|g.180"; gene_name "ORF";
  4. scaffold0001        transdecoder        exon        190434        190862        .        -        .        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
  5. scaffold0001        transdecoder        exon        191126        191599        .        -        .        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
  6. scaffold0001        transdecoder        CDS        190548        190862        .        -        0        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
  7. scaffold0001        transdecoder        CDS        191126        191425        .        -        0        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
  8. scaffold0001        transdecoder        exon        208081        208501        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  9. scaffold0001        transdecoder        exon        208656        208813        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  10. scaffold0001        transdecoder        exon        208884        208961        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  11. scaffold0001        transdecoder        exon        209392        209483        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  12. scaffold0001        transdecoder        exon        209592        209642        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  13. scaffold0001        transdecoder        exon        210286        210644        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  14. scaffold0001        transdecoder        CDS        208288        208501        .        -        1        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  15. scaffold0001        transdecoder        CDS        208656        208813        .        -        0        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  16. scaffold0001        transdecoder        CDS        208884        208961        .        -        0        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  17. scaffold0001        transdecoder        CDS        209392        209483        .        -        2        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  18. scaffold0001        transdecoder        CDS        209592        209642        .        -        2        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
  19. scaffold0001        transdecoder        CDS        210286        210493        .        -        0        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";

复制代码

  2. scaffold0001        transdecoder        exon        71375        73199        .        +        .        transcript_id "asmbl_61224|m.180"; gene_id "asmbl_61224|g.180"; gene_name "ORF";
  3. scaffold0001        transdecoder        exon        190434        191599        .        -        .        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
  4. scaffold0001        transdecoder        exon        208081        210644        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
复制代码
然后要整成这样子，即第一行的起始位置和最后一行的终止位置整合在一起
qianyemlf

论坛徽章:
0
2楼 [报告]
发表于 2015-01-26 21:50 |只看该作者
在线求大神指导啊
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
HardcoreAng

论坛徽章:
0
3楼 [报告]
发表于 2015-01-30 09:48 |只看该作者
gff格式的文件吧，你的需求没说清楚。
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
qianyemlf

论坛徽章:
0
4楼 [报告]
发表于 2015-01-30 12:31 |只看该作者
回复 3# HardcoreAng


    嗯主要是整合一下区间，没说清楚
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
ntwarren

论坛徽章:
1
2015年辞旧岁徽章 日期:2015-03-03 16:54:15
5楼 [报告]
发表于 2015-01-30 22:50 |只看该作者
回复 1# qianyemlf

use strict;
use warnings;

my @b;
while(<DATA>){
    my @a = split;
    if($a[2] eq 'exon'){
        if(@b>0){
            $b[4] = $a[4];
        }
        else{
            @b = @a;
        }
    }
    else{
        if(@b>0){
            print "@b\n";
            undef @b;
        }
    }
}


__DATA__
    scaffold0001        transdecoder        exon        71375        73199        .        +        .        transcript_id "asmbl_61224|m.180"; gene_id "asmbl_61224|g.180"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        72547        73014        .        +        0        transcript_id "asmbl_61224|m.180"; gene_id "asmbl_61224|g.180"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        exon        190434        190862        .        -        .        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        exon        191126        191599        .        -        .        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        190548        190862        .        -        0        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        191126        191425        .        -        0        transcript_id "asmbl_61233|m.158"; gene_id "asmbl_61233|g.158"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        exon        208081        208501        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        exon        208656        208813        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        exon        208884        208961        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        exon        209392        209483        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        exon        209592        209642        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        exon        210286        210644        .        -        .        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        208288        208501        .        -        1        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        208656        208813        .        -        0        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        208884        208961        .        -        0        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        209392        209483        .        -        2        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        209592        209642        .        -        2        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";
    scaffold0001        transdecoder        CDS        210286        210493        .        -        0        transcript_id "asmbl_61239|m.391"; gene_id "asmbl_61239|g.391"; gene_name "ORF";



   
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
返回列表 发新帖
高级模式
B Color Image Link Quote Code Smilies
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则 发表回复

  

北京盛拓优讯信息技术有限公司. 版权所有 京ICP备16024965号-6 北京市公安局海淀分局网监中心备案编号：11010802020122 niuxiaotong@pcpop.com 17352615567
未成年举报专区
中国互联网协会会员  联系我们：huangweiwei@itpub.net
感谢所有关心和支持过ChinaUnix的朋友们 转载本站内容请注明原作者名及出处

清除 Cookies - ChinaUnix - Archiver - WAP - TOP