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fasta文件排序 [复制链接]

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1 [收藏(0)] [报告]
发表于 2015-01-27 11:12 |只看该作者 |倒序浏览
本帖最后由 yang7473453 于 2015-01-29 22:17 编辑

有fasta格式文件如下
>contig5
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>contig3
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
>contig1
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

如何用perl排序成这个样子
>contig1
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
>contig3
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
>contig5
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

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发表于 2015-01-28 20:23 |只看该作者
求指点回复 1# yang7473453


   

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发表于 2015-01-30 09:25 |只看该作者
my %sequence;
my %order;
$/= ">";
open IN,"$ARGV[0]" or die;# 输入文件
while (<IN>){
chomp;
my @array = split /\n/,$_;
my $query = shift @array;
    if (defined $query){
    my @query = split /contig/,$query;
    $order{$query[-1]} = $query;
    $sequence{$query} = join ("",@array);
    }
}
close (IN);

foreach my $m (sort {$a <=> $b} keys %order){
print ">$order{$m}\n$sequence{$order{$m}}\n";
}


测试没问题

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发表于 2015-01-30 09:42 |只看该作者
很感谢,很好用回复 3# HardcoreAng


   
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