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求问:怎么提取两个文件中相关的内容 [复制链接]

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发表于 2015-03-17 10:44 |只看该作者 |倒序浏览
文件1blast结果

  1. Zmays|DIMBOA|bx6|AF540907        AC148152.3_FGT005|PACid:20845725        75.67        374        86        4        1        374        1        369        0.0         532
  2. Zmays|DIMBOA|bx8|AF540907        GRMZM2G420407_T01|PACid:20872395        52.56        390        160        7        1        374        1        381        4e-114         337
  3. Zmays|DIMBOA|bx7|AF540907        GRMZM2G066358_T01|PACid:20838583        64.18        268        87        2        111        374        1        263        1e-102         304
复制代码
文件2gff注释文件

  1. 2        phytozome9_0        gene        231282768        231284403        .        -        .        ID=AC148152.3_FG005;Name=AC148152.3_FG005
  2. 2        phytozome9_0        mRNA        231282768        231284403        .        -        .        ID=PAC:20845725;Name=AC148152.3_FGT005;pacid=20845725;longest=1;Parent=AC148152.3_FG005
  3. 2        phytozome9_0        CDS        231283832        231284358        .        -        0        ID=PAC:20845725.CDS.1;Parent=PAC:20845725;pacid=20845725
  4. 10        phytozome9_0        mRNA        29221654        29223128        .        +        .        ID=PAC:20872395;Name=GRMZM2G420407_T01;pacid=20872395;longest=1;Parent=GRMZM2G420407
  5. 10        phytozome9_0        five_prime_UTR        29221654        29221755        .        +        .        ID=PAC:20872395.five_prime_UTR.1;Parent=PAC:20872395;pacid=20872395
  6. 10        phytozome9_0        CDS        29221756        29222907        .        +        0        ID=PAC:20872395.CDS.1;Parent=PAC:20872395;pacid=20872395
  7. 9        phytozome9_0        mRNA        8469357        8471020        .        +        .        ID=PAC:20838583;Name=GRMZM2G066358_T01;pacid=20838583;longest=1;Parent=GRMZM2G066358
  8. 9        phytozome9_0        five_prime_UTR        8469357        8469748        .        +        .        ID=PAC:20838583.five_prime_UTR.1;Parent=PAC:20838583;pacid=20838583
  9. 9        phytozome9_0        CDS        8469749        8469957        .        +        0        ID=PAC:20838583.CDS.1;Parent=PAC:20838583;pacid=20838583
  10. 9
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根据文件1中的基因名AC148152.3_FGT005,GRMZM2G420407_T01,GRMZM2G066358_T01在文件2中进行匹配,提取匹配行的第一个和第四五个元素,整成

  1. Zmays|DIMBOA|bx6|AF540907        AC148152.3_FGT005|PACid:20845725   2        231282768        231284403      75.67        374        86        4        1        374        1        369        0.0         532
  2. Zmays|DIMBOA|bx8|AF540907        GRMZM2G420407_T01|PACid:20872395        10        29221654        29223128  52.56        390        160        7        1        374        1        381        4e-114         337
  3. Zmays|DIMBOA|bx7|AF540907        GRMZM2G066358_T01|PACid:20838583        9        8469357        847102064.18        268        87        2        111        374        1        263        1e-102         304
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