去掉某一列小于特定数值的行，并且下跟的几行也去掉

xunong

如果transcript行的cov < 3，那这行和下跟的几个exon行都去掉，直到遇到下一个transcript行再判定条件，如果符合，这行和其下跟的几个exon行也保留，

chr1    Cufflinks       transcript      11874   14408   1       +       .       gene_id CUFF.2 transcript_id NR_046018_1 FPKM 0.0000000000 frac 0.000000 conf_lo 0.000000 conf_hi 6894923.389408 cov 0.000000 full_read_support no
chr1    Cufflinks       exon    11874   11899   1       +       .       gene_id CUFF.2 transcript_id NR_046018_1 exon_number 1 FPKM 0.00000000
00 frac 0.000000 conf_lo 0.000000 conf_hi 6894923.389408 cov 0.000000
chr1    Cufflinks       exon    12613   12721   1       +       .       gene_id CUFF.2 transcript_id NR_046018_1 exon_number 2 FPKM 0.00000000
00 frac 0.000000 conf_lo 0.000000 conf_hi 6894923.389408 cov 0.000000
chr1    Cufflinks       exon    13221   14408   1       +       .       gene_id CUFF.2 transcript_id NR_046018_1 exon_number 3 FPKM 0.00000000
00 frac 0.000000 conf_lo 0.000000 conf_hi 6894923.389408 cov 0.000000
chr1    Cufflinks       transcript      13156   17905   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836 full_read_support no
chr1    Cufflinks       exon    13156   14829   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 1 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    14970   15038   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 2 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    15796   15947   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 3 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    16607   16765   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 4 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    16858   17055   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 5 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    17233   17905   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 6 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836

预计得到：
chr1    Cufflinks       transcript      13156   17905   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836 full_read_support no
chr1    Cufflinks       exon    13156   14829   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 1 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    14970   15038   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 2 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    15796   15947   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 3 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    16607   16765   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 4 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    16858   17055   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 5 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836
chr1    Cufflinks       exon    17233   17905   162     -       .       gene_id CUFF.3 transcript_id CUFF.3.1 exon_number 6 FPKM 302401126.8096294403 frac 0.060915 conf_lo 239892882.152274 conf_hi 364909371.466985 cov 6.647836

求大神支招！

jason680

http://bbs.chinaunix.net/thread-4173005-1-1.html
http://bbs.chinaunix.net/thread-4172939-1-1.html
http://bbs.chinaunix.net/thread-4172740-1-1.html
http://bbs.chinaunix.net/thread-4172726-1-1.html

xunong

回复 2# jason680


完全代码小白一枚啊 看不懂

有什么入门书籍可以推荐几本吗？
   

我是一隻羊

1. cat inputfile

复制代码

如果我没记错的话......对匹配transcript的单行来讲..随机元素组只有一个元素...E(X)=X,E(Y)=Y,E(XY)=XY....协方差算完是得0的,你的条件cov(X$4,Y$5)<3恒为真啊....直接cat就行了,不需要筛选....
如果我记错了,求大神纠正....