关于Perl两个文件的问题

小丽子酱

要求是文件1.格式是这个样子，碱基数目很大，chr到12，碱基序列很长我就省略了
>chr01
nnnnagtacgt.....
>chr02
nnnnnggtaa....
.......
文件2 格式如下，这个只是众多数据中的一个而已，大约是这种感觉
chr01 irgsp1_rep CDS 17383 17474 . + . Parent=Os01t0100500-01

其中，文件2的意思是，在chr01 染色体上，Os01t0100500-01是基因片段名称，17383 17474 代表这个基因片段处于第几个碱基到第几个碱基的范围。
要求是，文件2 得到的碱基范围在文件1中找到对应的碱基序列并输出到新文件，同时要求标注上基因片段名称，该怎么处理，求大神指点
期望结果是这样子的
>Os01...
acgt....
>Os01...
gtac.....

ba_du_co

是新手，刚刚学习
大约是这样子的这种感觉

open...
open...
my %hash;
while(...){...}
while(...){...}

小丽子酱

我也是新手啊，看不懂啊回复 2# ba_du_co


   

b114213903

1、仔细学习FASTA格式规范
2、学习一下“文件句柄”和substr操作

应该就要以了

小丽子酱

这个感觉有点太过抽象啊回复 2# ba_du_co


   

ba_du_co

回复 5# 小丽子酱

doc1.txt

>chr01
nnnnagtacgt
>chr02
nnnnnggtaa
>chr03
nnnnnnnnggtaannggtaa

doc2.txt

chr01 irgsp1_rep CDS 3 5 . + . Parent=Os01
chr02 irgsp2_rep CDS 2 6 . + . Parent=Os02
chr03 irgsp3_rep CDS 1 3 . + . Parent=Os03

结果大约是这样子

>Os01
nag
>Os02
nnngg
>Os03
nnn

代码大约是这样子

第一个open...
...大约是这种感觉的代码

  my $doc1, 'doc1.txt';

第二个open...
...大约是这种感觉的代码

  my $doc2, 'doc2.txt';

第一个while(...){...}
第一个...大约是这种感觉的代码

<$doc2>

第二个...大约是这种感觉的代码

    my ( $chr, $parent, @range ) = (split)[ 0, 8, 3, 4 ];
    $hash{$chr} = [ ( split '=', $parent )[1], @range ];

第二个while(...){...}
第一个...大约是这种感觉的代码

<$doc1>

第二个...大约是这种感觉的代码

    my ($chr) = /^>(\S+)/;
    unless ( exists $hash{$chr} ) { <$doc1>; next }
    chomp( my $atcg = <$doc1> );
    my ( $parent, $position1, $position2 ) = @{ $hash{$chr} };
    say '>', $parent;
    say substr $atcg, $position1, $position2 - $position1 + 1;




   

w664596101

say是怎么用的，求解回复 6# ba_du_co


   

小丽子酱

感谢大大，想要的就是这种结果，但是大大可以详细点吗？作为一个新手，我貌似找不到那种感觉QAQ回复 6# ba_du_co


   

程序猿zy

#!/usr/bin/perl -w

use strict ;

my $DOC1 ;
my $DOC2 ;
my $DOC3 ;
my $file1 = "./doc1.txt" ;
my $file2 = "./doc2.txt" ;
my $file3 = "./doc3.txt" ;

my %doc1_hash ;
my $doc1_val ;
my @doc2_list ;

open $DOC1, '<', $file1 or die "Can't open doc1.txt" ;

while( <$DOC1> ) {
        chomp( $_ ) ;
        if(        m/>/ ) {
                $doc1_val = substr( $_, 1 ) ;
                #print "$doc1_val \n" ;
        }
        else {
                $doc1_hash{$doc1_val} = $_ ;
        }
}

close( $DOC1 ) ;

### 采取追加的方式写到doc3，避免重复写入，先把当前文件重命名 ###
if( -e $file3 ) {
        rename $file3, $file3."_bak" ;
}

open $DOC2, '<', $file2 or die "Can't open doc2.txt" ;
open $DOC3, '>>', $file3 or die "Can't open doc2.txt" ;

while( <$DOC2> ) {
        chomp( $_ ) ;
        @doc2_list = split/\s+/, $_ ;       
        foreach my $key ( keys %doc1_hash ) {
                if( $key eq $doc2_list[0] ) {
                        my $pos_start = $doc2_list[3] ;
                        my $len = $doc2_list[4] - $pos_start ;
                        my @tmp_list = split/=/, $doc2_list[6] ;
                        my $doc3_val = substr( $doc1_hash{$key}, $pos_start, $len+1 ) ;
                        print $DOC3 ">$tmp_list[1]\n$doc3_val\n" ;
                }
        }
}

close( $DOC2 ) ;
close( $DOC3 ) ;

我也是新手写了一个，功能照着你那个实现了，但是你提供的信息有限，不知道会不会有什么特殊情况，或者文件有没有特别的行之类的，你看看吧。

小丽子酱

回复 9# 程序猿zy


   非常感谢大大的编码，但是已经处理好了，我会好好看看大大的编码的，谢谢！