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电梯直达

1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2015-05-06 15:29 |只看该作者 |倒序浏览

fasta格式文件如文件1所示，整条序列在一行上，请问如何用perl变成文件2所示格式，即每行60个氨基酸残基。
文件1：
>seq1
MDAKVTKFINAGLVVLGTSALLFLRSRKRLPPTVQGWLIFGGLIRYLKGLIVMLREEYPKLGSPFTVKLRNKNMGLVSTHYCKALESDLSQEEVHQLTVLTFGPDVVYDAD

>seq2
MDAKDNKFLNAGLVVLATLVVAKLITALLFSRSRKRLPPTVQGWPIFGGLIRFLKGPIVMLREEYPKLGSVFTVKLLNKNITFFIGPEVSTHFFKAPESDLSQQE

文件2
>seq1
MDAKVTKFINAGLVVLGTSALLFLRSRKRLPPTVQGWLIF
GGLIRYLKGLIVMLREEYPKLGSPFTVKLRNKNMGLVSTH
YCKALESDLSQEEVHQLTVLTFGPDVVYDAD

>seq2
MDAKDNKFLNAGLVVLATLVVAKLITALLFSRSRKRLPPT
VQGWPIFGGLIRFLKGPIVMLREEYPKLGSVFTVKLLNKN
ITFFIGPEVSTHFFKAPESDLSQQE

格式转换, 氨基酸, 如何

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jason680

富可敌国

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2楼 [报告]

发表于 2015-05-06 15:50 |只看该作者

本帖最后由 jason680 于 2015-05-06 15:52 编辑

回复 1# qiwasd

1. using substr and length function

2.  60 or 40 ?

$ perl -lape '{
$len=40;
$head="";
while(length>$len){
   $head.=substr($_,0,$len)."\n";
   $_=substr($_,$len);
}
  $_="$head$_"
}' FILE
>seq1
MDAKVTKFINAGLVVLGTSALLFLRSRKRLPPTVQGWLIF
GGLIRYLKGLIVMLREEYPKLGSPFTVKLRNKNMGLVSTH
YCKALESDLSQEEVHQLTVLTFGPDVVYDAD

>seq2
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VQGWPIFGGLIRFLKGPIVMLREEYPKLGSVFTVKLLNKN
ITFFIGPEVSTHFFKAPESDLSQQE

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qiwasd

白手起家

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3楼 [报告]

发表于 2015-05-06 16:19 |只看该作者

已解决！感谢！回复 2# jason680

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