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[文本处理] snp的vcf文件提取snp [复制链接]

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1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2015-05-13 17:22 |只看该作者 |倒序浏览

本帖最后由紫风8824 于 2015-05-13 19:50 编辑

文件1是snp的vcf文件：把INFO这一列换成“.”了
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT ./p3-101 ./p3-103 ./p3-104_ ./p3-105
MK000001 882 . T A 999 . . GT

L:GQ 0/1:0,0,0:3 0/1:0,0,0:3 0/1:0,0,0:3 0/1:0,0,0:3
MK000001 883 . G A 999 . . GT

L:GQ 0/0:0,0,0:5 0/0:0,0,0:5 0/0:0,0,0:5 0/0:0,0,0:5
MK000001 886 . T A 999 . . GT

L:GQ 0/0:0,0,0:10 0/0:0,3,40:13 0/0:0,0,0:10 0/0:0,0,0:10
MK000001 899 . T C 8.84 . . GT

L:GQ 0/0:0,0,0:18 0/0:0,3,40:21 0/0:0,0,0:18 0/0:0,0,0:18
MK000001 911 . G T 17.6 . . GT

L:GQ 0/0:0,0,0:20 0/0:0,3,40:23 0/0:0,0,0:20 0/0:0,0,0:20
MK000001 956 . A C 12.5 . . GT

L:GQ 0/0:0,0,0:20 0/0:0,9,89:29 0/0:0,0,0:20 0/0:0,0,0:20
MK000001 976 . G A 24.9 . . GT

L:GQ 0/0:0,0,0:19 0/0:0,9,89:28 0/0:0,0,0:19 0/0:0,0,0:19
MK000001 981 . G T 7.67 . . GT

L:GQ 0/0:0,0,0:20 0/0:0,9,89:29 0/0:0,0,0:20 0/0:0,0,0:20
MK000001 982 . T C 20.3 . . GT

L:GQ 0/0:0,0,0:18 0/0:15,0,64:5 0/0:0,0,0:18 0/0:0,0,0:18

想把里面的snp的提出来
文件2这样：
./p3-101 ./p3-103 ./p3-104 ./p3-105
0/1 0/1 0/1 0/1
0/0 0/0 0/0 0/0
0/0 0/0 0/0 0/0
0/0 0/0 0/0 0/0
0/0 0/0 0/0 0/0
0/0 0/0 0/0 0/0
0/0 0/0 0/0 0/0
0/0 0/0 0/0 0/0
求教：如何编写程序？如果拓展到多行多列数据该如何处理？谢谢~

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发表于 2015-05-13 17:58 |只看该作者

把图中的文本扣出来贴帖子吧

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3楼 [报告]

发表于 2015-05-13 17:58 |只看该作者

没明白。。。。好像发过问过这个问题吧

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4楼 [报告]

发表于 2015-05-13 18:02 |只看该作者

别贴图了，贴纯文本出来吧
或者，弄个附件上来吧

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发表于 2015-05-13 20:33 |只看该作者

awk '{for(i=NF-3;i<=NF;i++){if(FNR!=1)sub(/:.*$/,"",$i);printf $i" "}print ""}' file | column -t

复制代码

回复 1# 紫风8824

目测是这个意思

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6楼 [报告]

发表于 2015-05-14 10:04 |只看该作者

换成文本了，请指教~回复 4# drakness

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7楼 [报告]

发表于 2015-05-14 10:05 |只看该作者

换成文本了，请指教~回复 2# reyleon

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8楼 [报告]

发表于 2015-05-14 11:27 |只看该作者

回复 6# 紫风8824

awk '{for(i=1;i<=NF-4;i++)$i=""}{for(i=1;i<=NF;i++)gsub(/:.*/,"",$i);print}' urfile

复制代码

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发表于 2015-05-14 13:59 |只看该作者

有问无回外加X-Y问题 ?
http://bbs.chinaunix.net/thread-4176897-1-1.html
http://bbs.chinaunix.net/thread-4138810-1-1.html

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