求大神，随机两条序列SNP比对，应该怎么写

G比蒙

共有86条序列，现想对随机的2条序列进行比对，应该怎么办，求大神帮忙？C2/86个结果，序列编号为1-86。结果输出为两两间SNP的个数。
例如1/10:456。代表1和10序列有456个SNP。
另，去除N，如序列中有N，则不列为SNP。

b114213903

如果是等长序列，就每次取一个碱基去比较好了！

如是不等长，可能要先进行Alignment，再去比较……

substr函数

lz给样例文本

G比蒙

回复 3# substr函数


比如：
1 AAAA
2 AAAA
3 AAAA
4 AAAT
5 AAAA
6 AATA
7 AAAA
...
...
...
还请大神帮忙写代码，感激不尽！
   

G比蒙

回复 2# b114213903

是等长的，只是不会写代码，正在学小骆驼，赶不上用的。
   

b114213903

回复 5# G比蒙

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use Bio::SeqIO;
   
4. 
   
5. my $file='seq.fasta';
   
6. my $SEQ=Bio::SeqIO->new(-file=>"$file", -format=>'fasta');
   
7. my $data={};
   
8. while (my $seq=$SEQ->next_seq){
   
9.         $data->{$seq->id}=$seq->seq;
   
10. }
    
11. $SEQ->close();
    
12. 
    
13. open (OUT,">Results.txt");
    
14. my @ids=sort {$a<=>$b} keys %$data;
    
15. while (my $id=shift @ids){
    
16.         for (my $i=0;$i<@ids;$i++){
    
17.                 print  "$id\/$ids[$i]:\t";
    
18.                 my @Base_seqA=split //,$data->{$id};
    
19.                 my @Base_seqB=split //,$data->{$ids[$i]};
    
20.                 my $num=0;
    
21.                 for (my $j=0;$j<@Base_seqA;$j++){
    
22.                         if($Base_seqA[$j]!~/[N-]/i and $Base_seqB[$j]!~/[N-]/i and $Base_seqA[$j] ne $Base_seqB[$j]){
    
23. #                                print "$Base_seqA[$j] <=> $Base_seqB[$j]\n";
    
24. #                                sleep 1;
    
25.                                 $num++;
    
26.                         }
    
27.                 }
    
28.                 print "$num\n";
    
29.                 print OUT "$id\/$ids[$i]:\t$num\n";
    
30.         }
    
31. }
    
32. close OUT;
    
33. 
    
34. print "OK!\n";

复制代码

我使用的数据在附件！
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2015-06-26 12:56 上传

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substr函数

回复 1# G比蒙


LZ 都没说明, 表示没看懂，请说明规则

怎么说明规则
请查看这里 http://bbs.chinaunix.net/thread-4180665-1-1.html