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电梯直达

1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2015-07-06 11:52 |只看该作者 |倒序浏览

学perl没多久，打算调用samtools这个软件返回结果，但是这样写执行后没有返回值，有人知道问题出在哪么，或者其他方法可以做到这个的，十分感谢！

my $bam1 = $dir."/test.bam";
my $bed1 = $dir."/bed_file";
my $damtools = $dir."/samtools.exe";
my $depth_file = $dir."/test.txt

`$samtools depth -b $bed1 $bam1 > $depth_file`;

也试过这个，还是不行！

my $out = $dir."/test.txt";
open($haha,">$out")
`$samtools depth -b $bed_file $input_bam > $haha`;
close $haha;

perl

文库|博客

yybmsrs

小富即安

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2楼 [报告]

发表于 2015-07-06 12:05 |只看该作者

先直接在cmd执行看有没有结果

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54red

稍有积蓄

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3楼 [报告]

发表于 2015-07-06 12:22 |只看该作者

cmd是有结果的
回复 2# yybmsrs

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yybmsrs

小富即安

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4楼 [报告]

发表于 2015-07-06 13:02 |只看该作者

那就把``的结果保存到变量里面，然后看看结果

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xiaoxingan99

家境小康

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5楼 [报告]

发表于 2015-07-06 13:06 |只看该作者

$a=`ping 10.235.115.5`;
print $a;

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54red

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6楼 [报告]

发表于 2015-07-06 13:30 |只看该作者

这句什么意思？回复 5# xiaoxingan99

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54red

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7楼 [报告]

发表于 2015-07-06 13:43 |只看该作者

我这么做 $out=`$samtools depth -b $bed_file $input_bam`;
$out 是有结果的

我想把结果存起来
my $realout = $dir."/008_test";
open($out">$realout");
$out= `$samtools depth -b $bed1 $bam1`;
close $out ;
就没有结果，不知道我哪里写错了！/(ㄒoㄒ)/~~
回复 4# yybmsrs