高手赐教 fasta 提取特定行

zhwjmch

想提取特定的行，2个要求: 1) 长度大于300, 2) 特定的一个标准 loc=2R 或 loc=2L;
这两个信息在行头 都有， 生物相关的。就是蓝色的部分，要满足特定条件，以下2条，一个满足，一个不满足。。。如何分开？

>FBtr0342981 type=untranslated_region; loc=2R:join(22136968..22137026,22138000..22138251,22162905..22162919);MD5=594e04c2c432646c24f2e6e22febd982;  length=326; parent=FBgn0000008; release=r6.06; species=Dmel;

GTTCAATCTTTGTTTTCGTAGCGCGGC...GAAGTGAAGTAACCCATAAAACTAAC

>FBtr0083388 type=untranslated_region; loc=3R:complement(16828004..16828105);MD5=76d226b07edc8a389bce4902b3847b7a; length=102; parent=FBgn0000014; release=r6.06; species=Dmel; GTTCAATCTTTGTTTTCGTAGCGCGGC...GAAGTGAAGTAACCCATAAAACTAAC

b114213903

看不懂你的问题！

whyxys

如果 loc=2R:join(22136968..22137026,22138000..22138251,22162905..22162919);MD5=594e04c2c432646c24f2e6e22febd982;  length=326; parent=FBgn0000008; release=r6.06; species=Dmel; 就是文本的话，用REGEXP找到模式/loc=(2|3)R;/ 和 /length=\d+;/就可以了啊。

104359176

针对学生物的进行一次 Perl 培训不知道有人愿意响应吗？

b114213903

回复 4# 104359176


    如果有培训应该是不错的！俺全靠自己摸索啊

nanshanjin

我举双手双脚赞同


   

104359176

我发现有有几本与生物有关的 Perl 语言算法书籍，没有人翻译，国内也有许多从事生物信息分析的 Perl 高手，而综合生物信息的 Perl 算法的资料却不多。

b114213903

104359176 发表于 2015-07-17 15:18
我发现有有几本与生物有关的 Perl 语言算法书籍，没有人翻译，国内也有许多从事生物信息分析的 Perl 高手， ...

很少研究算法的，基本上都是拿来用……

104359176

没有算法和固定的模块，随用随丢，这样处理的范围就很小，能处理的深度也受限制。

solixa

嗯。fasta筛选问题解决了吗？我也是初学者。
先用while读取文件，每行都push到一个临时数组@val中，每4行做一次匹配，打印出来，在清空数组中的内容（做个计数器，$k++,到$k==4的时候再把数组拿出来筛选，然后把$k归零）。
筛选应该就很简单，对这个@val数组，用正则表达式，请搜索30分钟正则表达式入门(惭愧。。每次都要看这个才会用正则）。
大致是
while（<IN>){$k++;   push @val,$_;  if($k<=3){next;}   
elsif($k=4}{
if（$val[1]=~/loc=2R/ && val[1]=~/length=*****/）{print 给输出文档"$val[0]/n$val[1]..."。。。。。}
undef（@value）}
思路很简单。。