perl 引号

一串儿葡萄皮

我的文件fasta格式如下，有的ID都有一个双引号，如下所示。而有的没有，我想把双引号去掉，

">AT3G56040.1|PACid:19662817"
MANPQASPILHHPQNHLSLFHFRTTTSPRSFSSLHFRKPLLFLSSSSSFSSKLQQSEQQCNNHQVRHVSTVPVEYSTPTPPESDDFLSEIDRLKSLLSKLDVSKDLRRKDAVIDADSRVRRFFSENRGGLSKVFGYLGLNSNEMFLVKCVIAAGQEHALCMNYEEAFGEEEEEYTVRSSVKNALYALVEMIERFDVNSSGYKGRREMGTVLDSEEIAHFRKFLTFLEEIEQFYDCIGGIIGYQVMVLELLHQSSKRRNTNRSQLVEESLGC

b114213903

一串儿葡萄皮这种不是标准的fasta格式文档，BioPerl模块不能正常识别。
建议直接用Perl脚本过滤数据，或者如果文件不大的话，就直接用NotePad++之类的文本编辑器直接正则替换就好了！

xiaoxingan99

use strict;
use warnings;
my $a='"fafdaf"';
$a=~s/\"//g;
print $a;
这样不行么？还是我没理解楼主的意思？

一串儿葡萄皮

我也是这么做的，可是有些地方会出现这种情况：>atcgutwurpwfaiwe
WWMNNMMJEFFYGGGSDFKNVJJNVSDFVNSDHFV"at9ouytrey|pcvyuqfqiufjqelityuio"MMNSHFBEYSBCSJHCNKADJNQACHKWJCNSJ
就是有的引号并没有被去掉，而是带引号的ID直接跟到上一个序列的后面去了。




回复 3# xiaoxingan99


   

MMMIX

回复 4# 一串儿葡萄皮


    有这种情况早干吗不说? 这不是浪费大家时间么

一串儿葡萄皮

我手动替换后，报错说含有不匹配的>,是不是输入的大于号跟原文件的大于号还有什么区别呢？

回复 2# b114213903


   

一串儿葡萄皮

我在替换之前没有，只是用s/\"//g  替换后的结果会出现带引号的ID会跟到上一个序列后面去。不好意思，没说清楚。



回复 5# MMMIX


   

MMMIX

回复 7# 一串儿葡萄皮


    把能重现这个问题的输入和你的(能直接执行的)代码都贴上来.

xiaoxingan99

还是把你的代码发上来看看吧，如果就是直接替换的话，应该没啥大问题的。

一串儿葡萄皮

我的代码
#!/usr/bin/perl    -w
use warnings;
use strict;
use Bio::SeqIO;

my $file=$ARGV[0];
open(W,"<$file")|| die $!;
while(<W>){
   chomp;
    my$i='"\w+"';
        $i=~s/\"//g;

}
    open(M,">$file.new2") || die $!;
    my$all=Bio::SeqIO->new(-file=>"$file",-format=>'fasta');
    while(my$seq=$all->next_seq){
        my$id=$seq->id;
        my$seq=$seq->seq;


            print M ">$id\n";
            print M "$seq\n";
        }


    close W;
    close M;