求一个统计数字的程序或者编写思路，谢谢！

54red

我有一个原始统计数字的表：
统计表：
熊猫 1
老鼠 2
猫 3
小鸡 1

会有很多的新样本：
样本1：
熊猫
猫
章鱼

执行样本1 以后会生成两个文件：
样本1带数据：（就是把原来的统计表格数据后一列放上去）
熊猫 1
猫 3
章鱼 NA
新的数据统计表格：
熊猫 2 （就是添加一些新的物种，原来有的动物个数加1）
老鼠 2
猫 4
小鸡 1
章鱼 1

………………………………………………………………………………………………
其实就是打算做一个统计
现在的问题是 我不会做统计表的更新！

54red

我自己做了一个比较笨的程序，可以实现功能，大家有什么更好的思路，我也很想学一下！

真实的数据格式：
$pos:
chr11:10521764:T:C: 2
chr11:108183167:A:G: 2
chr11:10819364:T:C: 2
chr11:10822350:C:T: 2
chr11:10823079:T:C: 2
chr11:10828361:C:A: 2
.............

$txt:
11        654043        G        A        Exonic        DEAF1
11        674731        C        T        Exonic        DEAF1                               
11        822588        C        T        Exonic        PNPLA2
11        824428        G        T        Exonic        PNPLA2
11        824789        T        C        Exonic        PNPLA2
................

open(IN1,"$txt");
open(IN,"$pos");
open(OUT,">$haha");
my %hash_pos;
map{chomp;my @data = split/\t/,$_;$hash_pos{$data[0]}=$data[1];}<IN>;
close IN;
my @hash;
while (<IN1>) {
   chomp;
   next if $_=~/^$/;
   my $line=$_;
   my @data1 = split/\t/,$_;
   my $tmp = "chr"."$data1[0]".":".$data1[1].":".$data1[2].":".$data1[3];
   print $tmp."\t";
   if($hash_pos{$tmp}){
           print OUT "$line\t$hash_pos{$tmp}\n";
           $hash_pos{$tmp}=$hash_pos{$tmp}+1;
         
           }
   else {
           $hash_pos{$tmp}=1;
           print OUT "$line\t$hash_pos{$tmp}\n";
          
           }
  
}
open(IN,">$pos");
print IN ("$_: $hash_pos{$_}\n") foreach(sort keys(%hash_pos));
close IN;
close IN1;
close OUT;

MMMIX

54red 发表于 2015-08-12 16:11
我自己做了一个比较笨的程序，可以实现功能，大家有什么更好的思路，我也很想学一下！

先从把问题描述清楚开始吧.

b114213903

回复 3# MMMIX


    他这个目的应该是统计不同染色体上、不同位置、不同类型SNP的情况，描述的很混乱

MMMIX

回复 4# b114213903


    其实我并不关心数据的意义, 这些对编程来说许多时候是没有意义的; 而对编程有意义的是输入的格式, 处理数据的规则, 输出的内容和格式.

substr函数

回复 2# 54red
问题是
LZ打算
print, + 1

1. 
   
2. print OUT "$line\t$hash_pos{$tmp}\n";
   
3. $hash_pos{$tmp}=$hash_pos{$tmp}+1;
   

复制代码

1+ 1, print

1. 
   
2. $hash_pos{$tmp}=$hash_pos{$tmp}+1;
   
3. print OUT "$line\t$hash_pos{$tmp}\n";
   

复制代码