根据某一列删除某几行

紫风8824

文件：123.txt
CHROM        POS        ID        REF        ALT        QUAL        FILTER        INFO
00001        130        .        T        C        31.4        .        DP=11;VDB=0.0129;AF1=0.8539;AC1=282;DP4=1,1,5,4;MQ=14;FQ=5.07;PV4=1,1,0.031,0.18
00001        145        .        C        T        3.52        .        DP=12;AF1=0.1238;AC1=40;DP4=5,5,1,1;MQ=19;FQ=3.86;PV4=1,1,1,0.3
00001        155        .        T        C        3.22        .        DP=11;AF1=0.1085;AC1=35;DP4=5,5,1,0;MQ=24;FQ=3.5;PV4=1,1,1,0.013
00001        159        .        C        T        3.22        .        DP=11;AF1=0.1085;AC1=35;DP4=5,5,1,0;MQ=24;FQ=3.5;PV4=1,1,1,0.32
00001        176        .        G        A        7.37        .        DP=8;VDB=0.0155;AF1=0.2214;AC1=73;DP4=3,2,1,2;MQ=26;FQ=8.26;PV4=1,1,0.2,0.058
00001        186        .        C        T        39        .        DP=9;VDB=0.0126;AF1=0.155;AC1=51;DP4=3,4,1,1;MQ=28;FQ=39.7;PV4=1,1,1,0.42
00001        208        .        T        C        4.64        .        DP=6;AF1=0.1896;AC1=62;DP4=2,3,1,0;MQ=32;FQ=5.29;PV4=1,1,1,1
00001        1067        .        G        A        36.9        .        DP=44;VDB=0.0087;AF1=0.8823;G3=0.2242,0.01926,0.7566;HWE=0.0086;AC1=291;DP4=8,4,18,13;MQ=5;FQ=-9.04;PV4=0.73,0.0032,0.0095,0.28
00001        1120        .        G        A        10.2        .        DP=57;VDB=0.0081;AF1=0.02369;AC1=7;DP4=9,46,2,0;MQ=8;FQ=10.3;PV4=0.034,1,1,1.4e-13
根据INFO这一列的DP值删除DP小于10的行，DP=11;VDB=0.0129;AF1=0.8539;AC1=282;DP4=1,1,5,4;MQ=14;FQ=5.07;PV4=1,1,0.031,0.18都是在INFO列下的。
删除后是
CHROM        POS        ID        REF        ALT        QUAL        FILTER        INFO
00001        130        .        T        C        31.4        .        DP=11;VDB=0.0129;AF1=0.8539;AC1=282;DP4=1,1,5,4;MQ=14;FQ=5.07;PV4=1,1,0.031,0.18
00001        145        .        C        T        3.52        .        DP=12;AF1=0.1238;AC1=40;DP4=5,5,1,1;MQ=19;FQ=3.86;PV4=1,1,1,0.3
00001        155        .        T        C        3.22        .        DP=11;AF1=0.1085;AC1=35;DP4=5,5,1,0;MQ=24;FQ=3.5;PV4=1,1,1,0.013
00001        159        .        C        T        3.22        .        DP=11;AF1=0.1085;AC1=35;DP4=5,5,1,0;MQ=24;FQ=3.5;PV4=1,1,1,0.32
00001        1067        .        G        A        36.9        .        DP=44;VDB=0.0087;AF1=0.8823;G3=0.2242,0.01926,0.7566;HWE=0.0086;AC1=291;DP4=8,4,18,13;MQ=5;FQ=-9.04;PV4=0.73,0.0032,0.0095,0.28
00001        1120        .        G        A        10.2        .        DP=57;VDB=0.0081;AF1=0.02369;AC1=7;DP4=9,46,2,0;MQ=8;FQ=10.3;PV4=0.034,1,1,1.4e-13
求指点~谢谢！

hjfeng1988

重新编辑一下吧，编辑栏右上方有个“禁用表情”选项

紫风8824

已经重新编辑了 ，谢谢！回复 2# hjfeng1988


   

hjfeng1988

1. awk -F '[=;]' 'NR==1 || $2>=10' file

复制代码

haooooaaa

1. awk '$NF!~/DP=.;/' 123.txt

复制代码

紫风8824

谢谢！你能解释下吗？回复 4# hjfeng1988


   

hjfeng1988

回复 6# 紫风8824

论坛上有很多学习资料
http://bbs.chinaunix.net/forum.php?mod=viewthread&tid=2309494&extra=page%3D1%26filter%3Ddigest%26digest%3D1%26digest%3D1
http://bbs.chinaunix.net/forum.php?mod=viewthread&tid=1790335&extra=page%3D1%26filter%3Ddigest%26digest%3D1%26digest%3D1
http://bbs.chinaunix.net/forum.php?mod=viewthread&tid=1857159&extra=page%3D1%26filter%3Ddigest%26digest%3D1%26digest%3D1