帮我看看，为什么循环无法执行？

56836430

我有37个Species*.fa（Species1.fa，Species2.fa.。。。。Species37.fa）文件，想与BlastDBSpecies11 进行Blast,从而得到相应的Blast1_11.txt....Blast37_11.txt文件，用以下程序一直无法进行批量计算，不知道为什么？有谁帮我改下?

---------------------------
i=1
while(($i<3);do
echo $i
i=`expr $i + 1`
done


for f in $(ls /home/Seedplants_sequence/Species${i}.fa)

do
echo "rocessing file: ${f}"
blastp -outfmt 6 -evalue 0.00001 -query $f -db /home/Results_Sep06/WorkingDirectory/BlastDBSpecies11 -out /home/Results_Sep06/Blast${i}_11.txt

done
---------------------------------

万分感谢！！

expert1

你这里的i的值是常量了啊，就是最大的那个。

你在done

for f in

之间加个echo $i看看。

这基本的程序逻辑，你要做就放在同一个循环体里面吧。

56836430

回复 2# expert1

还是不能用，

怎么样能放在一个循环体里啊？


   

56836430

#PBS -S /bin/bash
#PBS -N Blast11
#PBS -l nodes=1:ppn=2
#PBS -l walltime=500:00:00
#PBS -q batch
#PBS -V


ADD_NUM=1
for ((i=1;i<=37; i=$i+$ADD_NUM))

do

blastp -outfmt 6 -evalue 0.00001 -query /home/Species${i}.fa -db /home/Results_Sep06/WorkingDirectory/BlastDBSpecies11 -out /home/Results_Sep06/Blast${i}_11.txt

done
---------------------------
这样是不是对的？