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发表于 2015-09-17 11:00 |只看该作者 |倒序浏览
文件123.txt 格式如下:
#CHROM        ./03.split_sam/p3-100_natural.sort.bam        ./03.split_sam/p3-101_natural.sort.bam        ./03.split_sam/p3-102_natural.sort.bam        ./03.split_sam/p3-103_natural.sort.bam        ./03.split_sam/p3-104_natural.sort.bam        ./03.split_sam/p3-105_natural.sort.bam        ./03.split_sam/p3-106_natural.sort.bam        ./03.split_sam/p3-107_natural.sort.bam        ./03.split_sam/p3-108_natural.sort.bam
SCAFFOLD00001        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00004        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00007        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00008        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00008        1/1        0/1        0/1        0/0        0/1        0/1        0/1        0/1        1/1
SCAFFOLD00008        1/1        0/1        0/1        0/0        0/1        0/1        0/1        0/1        0/0
SCAFFOLD00008        0/0        0/0        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00008        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        1/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00009        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00009        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00010        1/1        0/1        0/0        0/1        0/1        1/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00011        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
将第一行./03.split_sam/p3-xx_natural.sort.bam 替换掉  只保留中间的数字xx,替换后应该是这样的文件456.txt
#CHROM        100        101        102        103        104        105        106        107        108
SCAFFOLD00001        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00004        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00007        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00008        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00008        1/1        0/1        0/1        0/0        0/1        0/1        0/1        0/1        1/1
SCAFFOLD00008        1/1        0/1        0/1        0/0        0/1        0/1        0/1        0/1        0/0
SCAFFOLD00008        0/0        0/0        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00008        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        1/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00009        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
SCAFFOLD00009        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
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SCAFFOLD00011        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1        0/1
请问如何替换?请指教,谢谢!

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发表于 2015-09-17 11:11 |只看该作者
回复 1# 紫风8824
  1. sed -r '1s/\S+-([0-9]+)_\S+/\1/g' 123.txt > 456.txt
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发表于 2015-09-17 11:15 |只看该作者
  1. awk -F './03.split_sam/p3-|_natural.sort.bam' '{NF+=0}1' a
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发表于 2015-09-17 13:49 |只看该作者
  1. sed '1s#./03.split_sam/p3-\([0-9]*\)_natural.sort.bam#\1#g'  file
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发表于 2015-09-22 22:53 |只看该作者
awk 'NR==1{gsub(/.\/03.split_sam\/p3-|_natural.sort.bam/,"");print $0;next}1' file

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