关于控制fasta序列长度格式转换的问题

jiangphoenix

求个程序
将fasta格式转换的
就是比如元fasta一行是30个碱基，这次转换之后 一行是90个碱基
求各位大神

b114213903

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use Bio::SeqIO;
   
4. 
   
5. my $length=($ARGV[0]=~/^\d+$/)?$ARGV[0]:90;
   
6. my $in="In.fasta";
   
7. my $IN=Bio::SeqIO->new(-file=>"$in",-format=>"fasta");
   
8. 
   
9. my $Data={};
   
10. while (my $seq=$IN->next_seq()){
    
11.         $Data->{$seq->id}=$seq->seq();
    
12. }
    
13. $IN->close();
    
14. 
    
15. open (OUT,">Out.fasta");
    
16. foreach my $id(keys %{$Data}){
    
17.         (my $seq=($Data->{$id}))=~s/(\w{$length})/$1\n/g;
    
18.         print OUT ">$id\n$seq\n";
    
19. }
    
20. close OUT;
    
21. 
    
22. print "Finished!\n"

复制代码

jiangphoenix

回复 2# b114213903

(my $seq=($Data->{$id}))=~s/(\w{$length})/$1\n/g;

请问下，这步替换的是什么啊，谢谢啦


   

jiangphoenix

回复 2# b114213903

主要就是$1那里不太懂。。。。
   

jiangphoenix

回复 2# b114213903

已经琢磨明白了，谢谢啦

   

MMMIX

回复 2# b114213903


    Bio::SeqIO 不是可以自己设置输出格式的么？

b114213903

回复 6# MMMIX


    Bio::SeqIO默认的是70个碱基换行，没注意过是不是可以指定长度！

MMMIX

回复 7# b114213903


用 width 方法设置宽度：

my $out = Bio::SeqIO->new(...);
$out->width(90);

b114213903

回复 8# MMMIX


    谢谢！之前没有仔细研究过……

gaoyang636

可以使用fastq-toolkit 中的FASTA Formatter功能完成……