匹配两个文件的3行后合并

catloverat99

请教：
有两个文件file1 file2如下：
file 1
V$AHR_Q6 100 6 105 ENSRNOG00000024636_674
V$AHR_Q6 1004 6 1009 ENSRNOG00000006926_765
V$AHR_Q6 1009 6 1014 ENSRNOG00000034535_677
V$AHR_Q6 101 6 106 ENSRNOG00000015232_210
V$AHR_Q6 1021 6 1026 ENSRNOG00000006926_765
V$AHR_Q6 1022 6 1027 ENSRNOG00000019321_1175
V$AHR_Q6 103 6 108 ENSRNOG00000006705_993
V$AHR_Q6 1030 6 1035 ENSRNOG00000021489_1141
V$AHR_Q6 1034 6 1039 ENSRNOG00000021489_1141
V$AHR_Q6 1038 6 1043 ENSRNOG00000021489_1141
V$SP1_Q6_01 82 6 87 ENSRNOG00000000081_255
V$AP2ALPHA_03 650 6 655 ENSRNOG00000000017_1689
file2
V$AP2ALPHA_03 650 ENSRNOG00000000017_1689
V$CTCF_01 658 ENSRNOG00000000017_1689
V$SP1_Q6_01 82 ENSRNOG00000000081_255

结果如下：file 1的$1 $2 $5与file 2的$1 $2 $3同时匹配，并将FILE 1中的3、4列添加到file 2的第二列后面，没有匹配的用NA填充.

file2_new
V$AP2ALPHA_03 650 6 655 ENSRNOG00000000017_1689
V$CTCF_01 658 NA NA ENSRNOG00000000017_1689
V$SP1_Q6_01 82  6 87 ENSRNOG00000000081_255

waker

没有匹配的加NA ，建议描述下如何算匹配？

catloverat99

回复 2# waker


file 1的$1 $2 $5与file 2的$1 $2 $3同时匹配

haooooaaa

1. awk 'NR==FNR{a[$1$2$5]=$3" "$4;next}{NF+=1;$NF=a[$1$2$3]?a[$1$2$3]:"NA"}1' fie1 file2

复制代码

catloverat99

回复 4# haooooaaa

用我的大文件，不是上面的例子，跑完之后发现这种情况
V$AHR_Q6 31 6 36 ENSRNOG00000002248_460 ENSRNOG00000040109_838
不一样的id也合在一起


   

haooooaaa

按你上面的文本测试可以，

catloverat99

回复 6# haooooaaa


    谢谢！是我弄错文件格式了，很好用，非常感谢。

catloverat99

回复 4# haooooaaa


    如果能给解释一下就更好了。
awk 'NR==FNR {a[$1$2$5]=$3" "$4;next}{NF+=1;$NF=a[$1$2$3]?a[$1$2$3]:"NA"}1'

第一个文件的125列赋给第二个文件的第三列吗？
$4代表什么
{NF+=1;$NF=a[$1$2$3]?a[$1$2$3]:"NA"}1'更有点不懂。

haooooaaa

回复 8# catloverat99

按你的要求
    结果如下：file 1的$1 $2 $5与file 2的$1 $2 $3同时匹配，并将FILE 1中的3、4列添加到file 2的第二列后面，没有匹配的用NA填充.

你要 3、4 列添加到 。。。

{NF+=1;$NF=a[$1$2$3]?a[$1$2$3]:"NA"}1

这个 NF+＝1 就是添加一列，

最后一列（$NF) 等于 "NA" 或者 a[$1$2$3] (就是 $3" "$4)

bb659030105

awk 'NR==FNR{a[$1FS$2FS$5]=$3FS$4;next}{print a[$0]?$0FSa[$0]0" NA"}' 1 2