求程序：用Perl计算一个序列六联体的频数及频率，请大神帮忙

咏咏672418539

我有一批量（很多不同）的序列，里面是由ATCGN构成的.我想要计算其中每个序列的6联体（连续6个碱基，如：AAAAAA,AAAAAT,AAAAAC,AAAAAG,AAAATA......最多共有4的6次方种类型）出现的每种类型的个数。其中会有N,遇到N,按ATCG四种碱基都有可能来看，即各加四分之一如，AAAAA N.它有可能是AAAAA A,AAAAA T,AAAAA C,AAAAA G这四种，每种的为四分之一，如果之前出现过AAAAA A为1,则现在AAAAA A的频数为1+四分之一。再算每种的频率各是多少。我学Perl的时间较短，老师催的太紧了。先谢谢各位啦

咏咏672418539

回复 1# 咏咏672418539


    例如,序列：〉1        ATGTCTAAAGTTCCTACTATTTTGAACCCTACTGAAGAAGACCTTCAACTCTTATTGGCTGCTCAAGCCCACCTTGGC


2〉      GCCAAGAACCTCAACACCCGCATGGCTCCCTATGTCTTTAAGCGTCGAGCTGATGGTGTTCACTTGATTAACCTTGG


〉3           CAAGACGTGGGAAAAGCTCATCTTTGCTGCTCGTGTGATTGCAGCGATCGAGAACCCTGCGGACATTGTGGTTGTC


〉4        TCTGCTCGTCCCTACGGCCACCGTGCCGCCTTGAAGTTTGCTCGCTACATTGGCGCCGAAGCGGTCGTGGGTCG


〉5            CTTCACGCCAGGTACGTTTACCAATTACATCACCCGTTCCTTCCGTGAACCTCGCTTGGTCATCTGTACCGATCCT

计算每个序列中连续6个的个数，如〉1中，计算 ATGTCT ，TGTCTA，GTCTAA……的个数

substr函数

你好，新手求教
序列由ATCGN构成

频率如何计算呀

• NNNNNN
• ANNNNN
• ANNCNN
• ANCNTN
• ....
  

大神，谢谢啦

MMMIX

回复 2# 咏咏672418539


    举个例子，针对序列1，如何计算？应该计算出啥？

咏咏672418539

回复 4# MMMIX


    连续六个的种类统计，并求出个数，如序列1如果是AAAAA AAACG CGTTC，1-6个是一种AAAAA A，再往后数一位即2-7位，是AAAAA A,要加1,3-8位也是AAAAA A，要加1.4-9位是AAAAA C,和上一种不同，就又是一种……也就是每次移动一个来看连续6个的类型，和之前某种一样的，要加上，不一样的，要自己构成一类。

咏咏672418539

回复 3# substr函数


    也在等大神

MMMIX

回复 5# 咏咏672418539


    数子串呀：

sub count_Nseq {
    my ($seq, $n) = @_;

    my %count_of;
    for my $start (0 .. length($seq) - $n) {
        ++$count_of{substr $seq, $start, $n};
    }

    wantarray ? %count_of : \%count_of;
}

至于 N 的处理，一个变四个，循环一下就有了。

咏咏672418539

回复 7# MMMIX


    大神可以说明一下吗，不是很懂这个程序，而且，对N的处理不明白

咏咏672418539

回复 3# substr函数


    你会用Perl程序来计算频数吗？

MMMIX

回复 8# 咏咏672418539


    扩展 N:

sub expand_pattern {
    my @pending = @_;
    my @sequences;

    while (@pending) {
        my $pat = shift @pending;
        if ((my $idx = index($pat, 'N')) < 0) {
            push @sequences, $pat;
        } else {
            push @pending, map {substr $pat, $idx, 1, $_; $pat}
                               ('A', 'T', 'C', 'G');
        }
    }

    wantarray ? @sequences : \@sequences;
}