帮忙改程序!Pythond 在WINDOWS下是如何规定输出在一个指定文件里？

咏咏672418539

文件 mydata(由ATCG四种元素构成)
〉1
ATGTCTAAANGTTCCTACTATTTTGAACCCTACTGANANGANAGACCTTCAACTCTTATT
〉2
GCCAAGAACCTCAACACTTGATTAACCTTGG
〉3
CAAGACGTGGGAAAAGCTCATCTTTGCTGCTATTGTGGTTGTC
〉4
TCTGCTCGTCCCTACGGCCACCGTGCCGCCTT
〉5
CTTCACGCCAGGTACGTTTACCAATTACATCAGCTGAC
程序为：
#!/usr/bin/python2
# coding: utf-8

from collections import defaultdict as DICK

DATA = 'mydata'  # 也就是 文件名
F = open(DATA)
U = 6  # 六联体
V = [0.25**n for n in xrange(U + 1)]
N = 'AGCT'

for line in F:
    print line,
    seq = F.next()
    dic = DICK(int)

    for i in xrange(len(seq) - U):
        sub = seq[i:i + U]
        num = sub.count('N')

        if num is 0:
            dic[sub] += 1
            continue

        L = ['']
        for c in sub:
            if c is 'N': L = [e + C for e in L for C in N]
            else       : L = [e + c for e in L]

        for e in L: dic[e] += V[num]

    for k, v in sorted(dic.items()): print k, v
    tot = float(i + 1)
    for k, v in sorted(dic.items()):
        print '%s\t%f\t%f' % (k, v, v / tot)
结果为：
AGCTAG        1        0.500000
GCTAGA        2        0.125000
GCTAGC        1        0.125000
GCTAGG        1        0.125000
GCTAGT        3         0.125000
……
想要结果出现在一个我指定的文件里，比如名叫3.py的里面,要把命令加在哪里？用不用在那个盘下创建一个3.py？

sunzhiguolu

回复 1# 咏咏672418539
发错版块了...

   

stanley_tam

假设你的文件是a.py，输入python a.py > 3.py应该可以
脚本的话可以这样改一下，学的python 3，不知道兼不兼容python 2

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. 
   
6. DATA = 'mydata'  # 也就是 文件名
   
7. F = open(DATA)
   
8. U = 6  # 六联体
   
9. V = [0.25**n for n in xrange(U + 1)]
   
10. N = 'AGCT'
    
11. 
    
12. out_fh = open('3.py', 'r')
    
13. 
    
14. for line in F:
    
15.     print line,
    
16.     seq = F.next()
    
17.     dic = DICK(int)
    
18. 
    
19.     for i in xrange(len(seq) - U):
    
20.         sub = seq[i:i + U]
    
21.         num = sub.count('N')
    
22. 
    
23.         if num is 0:
    
24.             dic[sub] += 1
    
25.             continue
    
26. 
    
27.         L = ['']
    
28.         for c in sub:
    
29.             if c is 'N': L = [e + C for e in L for C in N]
    
30.             else       : L = [e + c for e in L]
    
31. 
    
32.         for e in L: dic[e] += V[num]
    
33. 
    
34.     for k, v in sorted(dic.items()): print k, v
    
35.     tot = float(i + 1)
    
36.     for k, v in sorted(dic.items()):
    
37.         line = '%s\t%f\t%f' % (k, v, v / tot)
    
38.         print line
    
39.         out_fh.write(line)

复制代码

咏咏672418539

回复 2# sunzhiguolu


    ??

咏咏672418539

回复 3# stanley_tam


    可以呀！谢谢

substr函数

回复 1# 咏咏672418539

亲，[ ]

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. 
   
6. DATA = 'mydata2'  # 也就是 文件名
   
7. SAVE = 'mysave'  # 想要结果出现在一个我指定的文件里
   
8. 
   
9. F = open(DATA)
   
10. S = open(SAVE, 'w')
    
11. U = 6  # 六联体
    
12. V = [0.25**n for n in xrange(U + 1)]
    
13. N = 'AGCT'
    
14. 
    
15. for line in F:
    
16.     S.write(line)
    
17.     seq = F.next().rstrip()
    
18.     dic = DICK(int)
    
19. 
    
20.     for i in xrange(len(seq) - U + 1):
    
21.         sub = seq[i:i + U]
    
22.         num = sub.count('N')
    
23. 
    
24.         if num is 0:
    
25.             dic[sub] += 1
    
26.             continue
    
27. 
    
28.         L = ['']
    
29.         for c in sub:
    
30.             if c is 'N': L = [e + C for e in L for C in N]
    
31.             else: L = [e + c for e in L]
    
32. 
    
33.         for e in L:
    
34.             dic[e] += V[num]
    
35. 
    
36.     tot = float(i + 1)
    
37.     for k, v in sorted(dic.items()):
    
38.         S.write('%s\t%f\t%f\n' % (k, v, v / tot))
    

复制代码

咏咏672418539

回复 6# substr函数


    谢谢亲这么乐于助人，我现在已经弄出来了。又有一个问题，有时间帮我解答一下吧，好吗？
文件 mydata(由ATCG及“－”5种元素构成)
〉1
ATGTCTA－－－ATGTCTAAGTTCCTACTATTT－TGAACCCTACTGAAG－－－－－－－－AAGACCTTCAACTCTTATT
〉2
－－－－－－－－－－GCCAAGAACCTCAACACTTG－－－－－ATTAACCTTGG
〉3
CAAGACGTGGGGGAA－－AA－－－GCTCATCTTTGCTGCTATTGTGGTTGTC
〉4
－TCTGCTCGTCCCTACGGCCACCGTGCCGC－－CTT
〉5
CTTCACG－－CCAGGTACGTTTACCAATTA－－－－－－－－－－－CATCAGCTGAC
目的：计算六联体的频数及频率，只是每个序列在计算统计过程中如果遇到“－”，就从“－”之后不是“－”的部分算起，统计“－”前后的部分的频数，然后把一样的加起来，求频率。
例如序列〉1，前六个是ATGTCT，再就是TGTCTA，后来遇到了－－－，之后是ATGTCT和TGTCTA，至此，ATGTCT和TGTCTA都有两个……

咏咏672418539

回复 3# stanley_tam


    壮士，再帮个忙吧，我现在有了新的难题

文件 mydata(由ATCG及“－”5种元素构成)
〉1
ATGTCTA－－－ATGTCTAAGTTCCTACTATTT－TGAACCCTACTGAAG－－－－－－－－AAGACCTTCAACTCTTATT
〉2
－－－－－－－－－－GCCAAGAACCTCAACACTTG－－－－－ATTAACCTTGG
〉3
CAAGACGTGGGGGAA－－AA－－－GCTCATCTTTGCTGCTATTGTGGTTGTC
〉4
－TCTGCTCGTCCCTACGGCCACCGTGCCGC－－CTT
〉5
CTTCACG－－CCAGGTACGTTTACCAATTA－－－－－－－－－－－CATCAGCTGAC

目的：计算六联体（和上面一样，也是计算连续六个）的频数及频率，只是每个序列在计算统计过程中如果遇到“－”，就从“－”之后不是“－”的部分算起，统计“－”前后的部分的频数，然后把一样的加起来，求频率。
例如序列〉1，前六个是ATGTCT，再就是TGTCTA，后来遇到了－－－，不计算，之后是ATGTCT和TGTCTA，至此，ATGTCT和TGTCTA都有两个……

咏咏672418539

回复 8# 咏咏672418539


    我找到了简便算法，这种小事，不用大神费心了

substr函数

回复 7# 咏咏672418539


    亲，[ ]

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. from collections import defaultdict as DICK
   
5. 
   
6. DATA = 'mydata'  # 也就是 文件名
   
7. SAVE = 'mysave'  # 想要结果出现在一个指定的文件里
   
8. 
   
9. F = open(DATA)
   
10. S = open(SAVE, 'w')
    
11. U = 6  # 六联体
    
12. 
    
13. for line in F:
    
14.     S.write(line)
    
15.     SEQ = F.next().rstrip().split("－")
    
16.     dic = DICK(int)
    
17.     tot = 1.0
    
18.     for seq in SEQ:
    
19.         if seq == '' or len(seq) < U: continue
    
20.         for i in xrange(len(seq) - U + 1):
    
21.             sub = seq[i:i + U]
    
22.             dic[sub] += 1
    
23.             tot += 1
    
24. 
    
25.     for k, v in sorted(dic.items()):
    
26.         S.write('%s\t%f\t%f\n' % (k, v, v / tot))
    

复制代码