行列转换

mswsg

整个的行列转换我可以，但是怎么才能使以>开头的行不被转换？
原始格式
>GCCACGTG        E-box/Arabidopsis-Promoters/Homer        6.212092        -1071.354139        0        T:2067.0(17.92%),B:1956.4(5.65%),P:1e-465
0.027        0.034        0.834        0.105
0.346        0.558        0.018        0.078
0.001        0.997        0.001        0.001
0.994        0.001        0.004        0.001
0.001        0.996        0.002        0.001
0.001        0.001        0.997        0.001
0.001        0.009        0.001        0.989
0.051        0.111        0.837        0.001
>HHCACGCGCBTN        FHY3(FAR1)/Arabidopsis-FHY3-ChIP-Seq(GSE30711)/Homer        6.927643        -625.906411        0        T:538.0(22.86%),B:1351.5(3.36%),P:1e-271
0.213        0.279        0.177        0.330
0.298        0.314        0.092        0.296
0.106        0.622        0.142        0.130
0.973        0.001        0.007        0.019
0.001        0.979        0.001        0.019
0.003        0.001        0.870        0.126
0.001        0.924        0.001        0.074
0.075        0.008        0.799        0.118
0.089        0.761        0.001        0.149
0.096        0.351        0.215        0.339
0.236        0.189        0.183        0.392
0.220        0.296        0.206        0.279


转换成
>GCCACGTG        E-box/Arabidopsis-Promoters/Homer        6.212092        -1071.354139        0        T:2067.0(17.92%),B:1956.4(5.65%),P:1e-465
0.027        0.346        0.001        0.994        0.001        0.001        0.001        0.051
0.034        0.558        0.997        0.001        0.996        0.001        0.009        0.111
0.834        0.018        0.001        0.004        0.002        0.997        0.001        0.837
0.105        0.078        0.001        0.001        0.001        0.001        0.989        0.001
>HHCACGCGCBTN        FHY3(FAR1)/Arabidopsis-FHY3-ChIP-Seq(GSE30711)/Homer        6.927643        -625.906411        0        T:538.0(22.86%),B:1351.5(3.36%),P:1e-271
0.213        0.298        0.106        0.973        0.001        0.003        0.001        0.075        0.089        0.096        0.236        0.22
0.279        0.314        0.622        0.001        0.979        0.001        0.924        0.008        0.761        0.351        0.189        0.296
0.177        0.092        0.142        0.007        0.001        0.87        0.001        0.799        0.001        0.215        0.183        0.206
0.33        0.296        0.13        0.019        0.019        0.126        0.074        0.118        0.149        0.339        0.392        0.279

substr函数

可以 []
python2 p.py datafile > savefile

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. import sys
   
5. FILE = open(sys.argv[1])
   
6. DATA = []
   
7. 
   
8. for LINE in FILE:
   
9.     if LINE.startswith('>'):
   
10.         for LIST in DATA: print '\t'.join(LIST)
    
11.         print LINE.rstrip()
    
12.         DATA = []
    
13.     elif not DATA:
    
14.         DATA = [[ELEM] for ELEM in LINE.split()]
    
15.     else:
    
16.         for INDEX, ELEM in enumerate(LINE.split()):
    
17.             DATA[INDEX].append(ELEM)
    
18. 
    
19. for LIST in DATA: print '\t'.join(LIST)
    

复制代码

起身又看一看屏幕，自己摇摇头说 [ ]
python2 p.py datafile > savefile

1. #!/usr/bin/python2
   
2. # coding: utf-8
   
3. 
   
4. import sys
   
5. FILE = open(sys.argv[1])
   
6. DATA = []
   
7. 
   
8. for LINE in FILE:
   
9.     if LINE.startswith('>'):
   
10.         for LIST in DATA: print '\t'.join(LIST)
    
11.         print LINE.rstrip()
    
12.         DATA = [[ELEM] for ELEM in FILE.next().split()]
    
13.     else:
    
14.         for INDEX, ELEM in enumerate(LINE.split()):
    
15.             DATA[INDEX].append(ELEM)
    
16. 
    
17. for LIST in DATA: print '\t'.join(LIST)
    

复制代码

vagrant_1220

awk 'BEGIN{line1=line2=line3=line4="";} {if($0 ~/^[ ]*>/){if(NR>2){print  line1"\n"line2"\n"line3"\n"line4"\n";}line1=line2=line3=line4="";print $0}else{line1=line1"\t"$1;line2=line2"\t"$2;line3=line3"\t"$3;line4=line4"\t"$4}}END{print line1"\n"line2"\n"line3"\n"line4"\n"}' ufile

sync_1521

1. awk 'function out(){for(i=1;i<=length(a);i++){print a[i]};delete a}/^>/{if(NR>1){out()};print;next}{for(i=1;i<=NF;i++){a[i]=a[i]?a[i]"\t"$i:$i}}END{out()}'

复制代码

zxy877298415

1. awk '{if($0~/^>/) {print k;for(i=1;i<=t;i++){print a[i]}k=$0;delete a} else {for(i=1;i<=NF;i++) a[i]=a[i]?a[i]"\t"$i:$i;t=NF}}END{print k;for(i=1;i<=t;i++) print a[i]}' file

复制代码

回复 1# mswsg


   

jason680

$ awk 'function T(t,n){for(n=1;n<=t;n++)print a[n];delete a;delete p;t=0}/^>/{T(t);print;next}{for(n=1;n<=NF;n++){a[n]=a[n]p[n]$n;p[n]="\t";t=NF}}END{T(t)}' FILE
>GCCACGTG        E-box/Arabidopsis-Promoters/Homer        6.212092        -1071.354139        0        T:2067.0(17.92%),B:1956.4(5.65%),P:1e-465
0.027        0.346        0.001        0.994        0.001        0.001        0.001        0.051
0.034        0.558        0.997        0.001        0.996        0.001        0.009        0.111
0.834        0.018        0.001        0.004        0.002        0.997        0.001        0.837
0.105        0.078        0.001        0.001        0.001        0.001        0.989        0.001
>HHCACGCGCBTN        FHY3(FAR1)/Arabidopsis-FHY3-ChIP-Seq(GSE30711)/Homer        6.927643        -625.906411        0        T:538.0(22.86%),B:1351.5(3.36%),P:1e-271
0.213        0.298        0.106        0.973        0.001        0.003        0.001        0.075        0.089        0.096        0.236        0.220
0.279        0.314        0.622        0.001        0.979        0.001        0.924        0.008        0.761        0.351        0.189        0.296
0.177        0.092        0.142        0.007        0.001        0.870        0.001        0.799        0.001        0.215        0.183        0.206
0.330        0.296        0.130        0.019        0.019        0.126        0.074        0.118        0.149        0.339        0.392        0.279

mswsg

抱歉，没想到真有大神用python解决了，非常长感谢，学习了。回复 2# substr函数