【求助】Perl按固定长度分割文本

munaiyi1234

第一行献给论坛里的大神！
第二行开始是正文···
我有一个out.txt的文档，里面的内容是这样的：
CGAAGGGACTATATCTAGTCCCTTGGTGCAATTACGTAATCTCATTTATAATGATTGATATTATGAGAAAAATACATGAATTTTTCACTTGTAGTCGTGATTGGTGGATATTCAACAAGACTAATGTATGCAATTTGTTAATAAGCTTTTTTGGAAAACATCTGTGGTAGAAATAGGGCAAGCATGCTTGTGTACTTCCTTAATACGCTATATTCCATGTATCTGCTGGTAGAGTTAGTCCTCCGTAATATCTTCTTATTAGAGAAAATTCAGGATTTATATTCTGTGGTAACGCCATTAGAAGAAGTAATTTCCTGACTTAGATGATTCAGAGAGTATAAGTTCCATTGCTAGGATAGAGTAGATGTAGAGGTGAAAGTCCATGGCTTGATACCATTGATTTATTGTACAATTGTTCTTTAATTTTGGTGCACGACTAAGACCAAATTTTTACTCGTGATTTAATGTTAAGATGAAATTGTTACCTATTGTTTCTGTCCTTGGCTACCTATTCGGCGCTTCGTTTCAGAGCCTGCCAAGTTTCTCTCATAGCATTCTCTTTTCCTCCTTACGGGGTCCTTCATGCCTAAAGATGGAGAGCTAGAGCTGAAAAAACCGATCATTGCTATCCAACGTTACAATACATTCTTGACCCAAATGCAAGATAATATCAGATATGCGGGATATTTTAAAACTGCACATGGTAAAGGGTGTGCCTCTAGAGATACCCGTGATACGTCTTTGGAAAATTATATAGTCACACTGATGGATCAATGAAACTCGTTCCTGAAGATATAGGCAGATTTTAAGGAATGATTTTACCTTCGAAAATAATGGCTTAAAATTGGGTAGCTTTAGAATTTTGCTTATAGATAGAAAAGACGTATGTGCACATGTGATTTCGCAATTAACGGCATCATACGGAATTCGAAACTCCGCTATCTCATTGTTCATATACTTCAGCCAAGATTCTCGTGTTAAGACTTCCAATTTCTTCCAAGCGTTTTTCTTAGGGTTCAAAAGCATGGGTTAAAATGTGTTCATGAAAAGAGAAGTTAAGATCGAATTAGAAATTTTTGAATCTGGTCTTTTTTTGCTTTAAGTCGAAAAATTTAGTACCAGTGTTTTTGCCAGGATCAAAGAAGCTACAAATACCAACGTGATATTGGATCTGTAAAGTATCTACAAGAAATCTGTAGCTAAAAGAAAAATTCTTTTTATTTGATTCCGCTCGACTTTTCGATGGTGCATTGCCGTCTTTTCTCACAAGCATAAGGGCCCATTAGACCCTCGACCTGTTCGGACTCAATGGACCCTAGCGTCCTTGGGATGAGTACAAAACAGTGTCCTGCACTGGGGGACCCAGAGACTCGAGAACTCTGGCCTCTTGTGCTTCGATTATTAGCCGTTGGGCCATCGTATTGCCTTTTCCATAGTGAGAGCTTGCTGAGATTACCGTTCATACACGAATTCGAATCCCTCTTTTGCAAGAGCAAGGGCAGAGGGAGAAAAGAAAAGAGTTTTTCCACATATTTTCCCTCCTTTCCTTCCCATATGATGTTTGCAATATGAAAATATTAACTAAAGATTTATGAATTTGTACCAGTCAACTTGGACAGTGTAAGCCTATACTAAAGTCCAAGAAATTATTGGAAAGAAGTGAAAAACAAACTTTTGATGCATTATTTTGTGAGTTCTGGGTTATCATGGCATTGATGTTTAACGCTTCGGAGAGCTTCACCTGATGTGTTTCGGTGACGAGCTTAACGTTTTTAGCGATCTGTAGCGGCTTGATCATTGCGATTTTTTGATTTAACGTCAAAATTTGCCTAGAGAAACTTAACAAGTCTTCAATTATTGAAATCATTCAAATATATCAGGTAACAATTCAGGTCCATTAATGCATATTTCATTCATTTTAAACTTCATTTGAGGGCGGTTAGAAAAGAGACCCCTGGAAAAAGGACCATTCCCGCAGCAATTTAGGTGAAATTATTGATAACTTATACCCTAAATCTGCAAAGTTGCACCTCTTAAAATCATTTCGAAACTTTCGGGCCGAAAAGCGTGTCGTCCTCCCATTATATGTTTCTTCAACTTTGTTGTAAAGCCTTCGTGTA

想得到如下的效果：按照147个字母为一组分割这个文本。PS：实际的文本是现在这个好几百倍长，这只是其中一部分···
效果来了:
>char 1
CGAAGGGACTATATCTAGTCCCTTGGTGCAATTACGTAATCTCATTTATAATGATTGATATTATGAGAAAAATACATGAATT
>char 2
TTTCACTTGTAGTCGTGATTGGTGGATATTCAACAAGACTAATGTATGCAATTTGTTAATAAGCTTTTTTGGAAAACATCTG

大概是这样的效果，样本太大，可能所有字母数加在一起并不是147的整数，如果不是最后的一条也要截出来。

在下不才···本想用统计所有字母数再限制循环次数配合for循环了解的···结果弄巧成拙了···
有没有大神可以帮我一下
顺便告诉我如果数据太大perl可以一次全部把数据读出来吗···

jason680

substr EXPR,OFFSET,LENGTH

perldoc -f substr

munaiyi1234

这个用到了，但是现在文件读不进来，不知道是为什么

回复 2# jason680


   

MMMIX

最简单的办法就是用 Bio::SeqIO  模块，让它帮你控制每行的长度。

munaiyi1234

这个我不会了大神，包的部分没学明白。。。

sunzhiguolu

回复 2# jason680
大神您好, 使用 substr 函数如何避免 offset 超出文本范围. 代码如下:

1. 
   
2. #!/usr/bin/perl
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. for (my ($sOffset, $sLength, $sCnt, $sStr, $sSection) = (0, 147, 1, <>); $sSection = substr ($sStr, $sOffset, $sLength); $sOffset += $sLength){
   
7.         printf "char %d>\n%s\n", $sCnt++, $sSection;
   
8. }
   

复制代码

在输出结果的时候, 提示如下错误:

1. 
   
2. substr outside of string at ...
   

复制代码

munaiyi1234

6楼大神你好！！小的马上去改程序！！

回复 6# sunzhiguolu


   

MMMIX

munaiyi1234 发表于 2015-12-30 20:26
这个我不会了大神，包的部分没学明白。。。

使用 Perl 不会用包那就是个悲剧！

sunzhiguolu

回复 7# munaiyi1234
我不是什么大神!!! 另外, 代码部分有问题!!!

   

sunzhiguolu

回复 7# munaiyi1234
稍微修改了下, 试下:

1. 
   
2. #!/usr/bin/perl
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. my $sStr = <>;
   
7. for (my ($sOffset, $sCnt, $sLength, $sStrLength, $sSection) = (0, 0, 147, length ($sStr)); $sStrLength >= $sOffset; $sOffset += $sLength){
   
8.         printf "char %d>\n%s\n", ++$sCnt, substr ($sStr, $sOffset, $sLength);
   
9. }
   

复制代码

MMMIX 大神提供的解决方案非常棒, 可以学习下.