shell perl

biobaby

求助：大家好 我有两个文件，内容如下：
file1.txt:
OS01T0100100-01
OS01T0100200-01
OS01T0100300-00
OS01T0100400-01
OS01T0100466-00
file2.txt:
>OS01T0100100-01        chr2        13
AGJHJK
>OS01T0100210-01        chr1        12
TYOLJGF
>OS01T0100200-01        chr1        12
ALIYBV
>OS01T0100300-00        chr2        7
IYG
>OS01T0100800-01        chr1        12
AGBVCOKLM
>OS01T0100400-01        chr3        9
TRGHB
>OS01T0100466-00        chr6        3
YTAKNB
>OS01T0100207-01        chr1        12
AGSDLDGH
现在想从file2中把第一列和file1 id一致的信息抽出来，并一并输出改id信息的下一行。最终生成结果应该是：
OS01T0100100-01        chr2        13
AGJHJK
OS01T0100200-01        chr1        12
ALIYBV
OS01T0100300-00        chr2        7
IYG
OS01T0100400-01        chr3        9
TRGHB
OS01T0100466-00        chr6        3
YTAKNB


谢谢大家，求帮忙，非常感谢

zxy877298415

1. awk -vRS=">"  'FNR==NR{t=$0;for(i=1;i<=split(t,a,"\n");i++) b[a[i]]=1;next}{if(b[$1]) printf $0}' file1.txt file2.txt

复制代码

回复 1# biobaby


   

jason680

$ awk 'FNR==NR{a[$1]=1;next}sub(/^>/,""){if(a[$1]){print;getline;print}}' file1.txt file2.txt
OS01T0100100-01        chr2        13
AGJHJK
OS01T0100200-01        chr1        12
ALIYBV
OS01T0100300-00        chr2        7
IYG
OS01T0100400-01        chr3        9
TRGHB
OS01T0100466-00        chr6        3