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biobaby

大家好，我有这样一个文件file.文件信息如下：
chr1    23    25     +      ACT
chr2    11    15     +      ACTGA
chr5    4     10    -       GCTAGCT
现在想要将第5列分开，每一行一个信息：如下：

chr1    3     +      A
chr1    4     +      C
chr1    5     +      T
chr2    11    +     A
chr2    12    +     C
chr2    13    +     T
chr2    14    +     G
chr2    15    +     A
chr5     4      -     T
chr5     5      -     C
chr5     6      -     G
chr5     7      -     A
chr5     8      -     T
chr5     9      -     C
chr5     10      -     G
在输出的过程中，如果第四列是+，则顺序输出，如果第四列是-，则第五列反向输出
谢谢大家了

jason680

回复 1# biobaby

$ awk '{OFS="\t";t=split($5,a,"");for(n=1;n<=t;++n)print $1,$2+n-1,$4,$4=="+"?a[n]:a[t-n+1]}' file
chr1        23        +        A
chr1        24        +        C
chr1        25        +        T
chr2        11        +        A
chr2        12        +        C
chr2        13        +        T
chr2        14        +        G
chr2        15        +        A
chr5        4        -        T
chr5        5        -        C
chr5        6        -        G
chr5        7        -        A
chr5        8        -        T
chr5        9        -        C
chr5        10        -        G

   

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1. awk '{for(i=0;i++<split($NF,b,"");)print $1,$2++,$4,b[i]}'

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