将匹配字符串的特定区段序列变成小写

freesiaSS

open(FILE1, "<Test.fasta") || die("Cannot open file Test.fasta");
open(FILE2, "<Repeat.gff") || die("Cannot open file Repeat.gff");
open(OUTFILE, ">Test3.txt") || die("Cannot create file Test3.txt");
my %hash;
while(<FILE1>) {
                chomp;
                if(/^>/){
                        $key=substr($_,1);     
                        }
                else {
                     $hash{$key}.=$_;
                     }
               }
               
while(<FILE2>){
              chomp;
              s/^\s+//g;
              my @temp=split(/\t|\;/,$_);
              my $ID=$temp[0];    # my $ID=substr($temp[0],0);      
              my $Start=$temp[3]-1;
              my $Len=($temp[4]-$temp[3]+1);

     while(my($key, $value)=each%hash){
                                if(exists $hash{$ID}) {
                                                                $hash{$ID} =~ s/^(.{$Start})(.{$Len})/$1.lc($2)/eg;                              
                                                                }
                                                            }
                      }

foreach my $k (keys %hash) {print OUTFILE "$k\t$hash{$k}";}
close FILE1;
close FILE2;
close OUTFILE;

这段脚本的执行结果是：Quantifier in {,} bigger than 32766 in regex; marked by <-- HERE in m/^(.{ <-- HERE 32926})(.{195})/ at t41.pl line 27, <FILE2> line 60.
已知：GFF文件记录的是每个ID不同区段的序列特征信息，每个ID纵列出现若干次； fasta文件记录的是>ID\n 序列；
问题：首先读取序列fasta文件，存入hash数列，key指定为：“>”后面的字符串，以便于对应下面的GFF文件中的第一列$ID，便于在其中查找。$Start是要替换序列的起点，$Len是要替换序列从$Start开始的长度。$ID 是序列的ID, 对每一个ID，查找是否存在于fasta文件中，有对话，对其相应的序列坐标片段进行小写替换。然后输出结果。

本人刚刚开始写perl脚本，请问大神，我那里写错了？？？？为什么运行报错，说正则表达式匹配超出范围，我查找了相应到Line27的序列，确认没有错误。SOS～～～～～

freesiaSS

请问是否可以不用遍历 hash数列来实现指定区段序列打小写替换的 操作？？

freesiaSS

已解决～～～～～