’求助！！！求助！！！文件匹配输出特定的内容‘

sunzhiguolu

修改两处代码:

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. sub collect_data{
   
6.     my (%ha, %hFilt, $id);
   
7.     open (my $fhA, '<', shift);
   
8.     while (defined (local $_ = <$fhA>)){
   
9.         if (/\A([a-z]\S+)/i){
   
10.             %hFilt = () if (!exists $ha{$1});
    
11.             $id = $1;
    
12.             next;
    
13.         }
    
14.         push (@{$ha{$id}}, $1) if (/\A\s*(\d+)/ and !$hFilt{$1}++);
    
15.     }
    
16.     close ($fhA);
    
17.     \%ha;
    
18. }
    
19. 
    
20. sub compare{
    
21.     my ($id, $rh, @aData) = (@_);
    
22.     my %hStat;
    
23.     foreach my $v (@{$rh->{$id}}){
    
24.         foreach my $V (grep {$v >= $_->[0] && $v <= $_->[2]} @aData){
    
25.             my ($cnt, $leng) = (0, $v - $V->[0] + 1);
    
26.             if ((local $_ = substr ($V->[1], 0, $leng)) =~ /-/){
    
27.                 $cnt = s/-//g;
    
28.                 $cnt += length ($1) if (substr ($V->[1], $leng - 2, 1) eq '-' and substr ($V->[1], $leng) =~ /\A(-+)/);
    
29.             }
    
30.             my @aChars = split (//, $V->[4]);
    
31.             next if ($aChars[$v - $V->[0] + $cnt] eq '-');
    
32.             $hStat{$aChars[$v - $V->[0] + $cnt]}++;
    
33.         }
    
34.     }
    
35.     if (%hStat){
    
36.         print "$id\t";
    
37.         print "$_:$hStat{$_}\t" for keys %hStat;
    
38.         print "\n";
    
39.     }
    
40. }
    
41. 
    
42. my $rha = collect_data (shift);
    
43. 
    
44. open (my $fh, '<', shift);
    
45. my ($Flag, $Offset, $ID, @aData) = 0;
    
46. while (defined (local $_ = <$fh>)){
    
47.     next if (/\A\s*\z/ or !/\A(?:Query|Sbjct|Identities)/);    # 添加一条判断
    
48.     if (/\AQuery=\h+(\S+)/){
    
49.         compare ($ID, $rha, splice (@aData)) if (@aData);
    
50.         exists ($rha->{$1}) ? do {($ID, $Flag, $Offset) = ($1, 1, -1)} : ($Flag = 0);
    
51.         next;
    
52.     }
    
53.     $Flag = 0 if (/\bIdentities.+?(\d+)\%/ and $1 < 90);    # 如果百分比小于 90%, 则忽略后面的统计
    
54.     next if (!$Flag);
    
55.     if (/\A(Query|Sbjct)\h+(\d+)\h+(\H+)\h+(\d+)/){
    
56.         push (@{$aData[$1 eq "Query" ? ++$Offset : $Offset]}, $2, $3, $4);
    
57.     }
    
58. }
    
59. close ($fh);
    
60. compare ($ID, $rha, splice (@aData)) if ($Flag);
    

复制代码

little_joe

再次表示感谢，谢谢您的帮助回复 60# sunzhiguolu

little_joe

回复 60# sunzhiguolu 您好，最近在使用楼上（60楼）添加了判断功能的程序时发现它与43楼的程序运行产生相同的结果，
于是，我就利用小数据文件跑了两个脚本，
实验数据.zip (238.23 KB, 下载次数: 1)

2017-02-09 10:32 上传

点击文件名下载附件

用stop_hbad1.txt去匹配文件blast_out01.txt发现结果相同[fly]是因为所有的结果都符合判断条件[/fly]，
为了验证判断条件起作用了，我就将文件[/fly]blast_out01.txt中NP_415088.1-1中可以匹配输出的16732和16749行的Identities改成了85% 修改了Identities数据文件.zip (238.23 KB, 下载次数: 0)

2017-02-09 10:48 上传

点击文件名下载附件

，
结果发现两个脚本的效果仍然一样，

因此想问您一下，是程序的判断没有起作用吗？
过去了这么久还来麻烦您真是不还意思，您有时间帮忙看看，谢谢您O(∩_∩)O谢谢

sunzhiguolu

回复 62# little_joe
如果可以的话，麻烦再开新帖。(将你的处理要求描述清楚 列出期望的处理结果)

sditmaner

谦虚，是我描述的原因，我在组织组织语言，谢谢回复 5# sunzhiguolu

little_joe

回复 63# sunzhiguolu
好的，谢谢您

little_joe

回复 63# sunzhiguolu
刚才尝试着重新写个帖子，但是发现有些说不明白了，之前这个和您交流太多，这些问题要是都写上有些无从下手，您先看看，有问题再麻烦您问

little_joe

回复 60# sunzhiguolu

您好，上次问您的问题，运行60楼筛选与43楼不筛选的程序得到的结果一样，感觉这个判断写在了结果输出后面，不影响结果的输出，麻烦您能帮忙看一下是这样子的么？O(∩_∩)O谢谢