perl程序改进

litter_kid

#!/usr/bin/perl
open FILE,"p";
while(<FILE>){
        chomp;
        $hash{$_} +=1;
}
while($gene = <>){
        foreach $key (keys (%hash)){
                if ($gene =~ /^NC_.+$key/s){
                        print $key."\t".$gene;
                        delete $hash{$key};
                }
        }
}
~
这是我写的一个用于在其他文件如1.txt中匹配多行开头一样，只输出相同行第一行的perl程序
如文件p为
NC_001
NC_002
NC_003
文件1.txt为
NC_001 123 234
NC_001 134 235
NC_001 112 321
NC_001 102 223
.
.
.
NC_002 234 256
NC_002 432 523
NC_002 342 543
.
.
.
NC_003 345 432
NC_003 342 532
.
.
.
结果输出来是
NC_001 123 234
NC_002 234 256
NC_003 345 432

RE_HASH

$>  cat test.pl
@Files = @ARGV;  #Keep the file names
push @{$A->{$ARGV}}, $_ while (<>);   #read the files
print map {   
  my $K = s/\n//r;
  ($_) = grep /$K/, @{$A->{$Files[1]}};  #get the first line from the second file matches the keys in the first file
} @{$A->{$Files[0]}};

$>  perl test.pl p 1.txt
NC_001 123 234
NC_002 234 256
NC_003 345 432

litter_kid

回复 2# RE_HASH
大神报错了：
syntax error at test.pl line 2, near "$_while("
Execution of test.pl aborted due to compilation errors.
这是为啥？
   

RE_HASH

my perl version :
$>  perl -v

This is perl 5, version 22, subversion 0 (v5.22.0) built for x86_64-linux


what is yours?

RE_HASH

try this:

@Files = @ARGV;
while (<>) {
  push @{$A->{$ARGV}}, $_ ;
}
print map {
  my $K = s/\n//r;
  ($_) = grep /$K/, @{$A->{$Files[1]}};
} @{$A->{$Files[0]}};

RE_HASH

是不是少了空格？

$_        while (<>)

litter_kid

回复 2# RE_HASH
哦哦，我的错$_与while之间要有空格，非常感谢大神的帮助。