perl程序改进，求大神

litter_kid

#!/usr/bin/perl
open FILE,"gzip -dc protein.faa.gz|" or die "open error!";
@File_1 = <FILE>;
close(FILE);
$File_2 = join("",@File_1);
@File_3 = split(/>/,$File_2);
while ($line = <STDIN>{
        chomp($line);
        foreach $File_4(@File_3){
                if($File_4 =~ /$line/){
                        print ">".$File_4;
                }
        }
}
这是我写的一个用文件aa中的关键字符，去压缩文件protein.faa.gz中匹配的程序
文件aa的内容类似于
NP_001269438.1
XP_011540662.1
XP_011539799.1
XP_011531007.1
文件protein.faa.gz的内容类似于
>NP_000005.2 alpha-2-macroglobulin precursor [Homo sapiens]
MGKNKLLHPSLVLLLLVLLPTDASVSGKPQYMVLVPSLLHTETTEKGCVLLSYLNETVTVSASLESVRGNRSLFTDLEAE
NDVLHCVAFAVPKSSSNEEVMFLTVQVKGPTQEFKKRTTVMVKNEDSLVFVQTDKSIYKPGQTVKFRVVSMDENFHPLNE
LIPLVYIQDPKGNRIAQWQSFQLEGGLKQFSFPLSSEPFQGSYKVVVQKKSGGRTEHPFTVEEFVLPKFEVQVTVPKIIT
ILEEEMNVSVCGLYTYGKPVPGHVTVSICRKYSDASDCHGEDSQAFCEKFSGQLNSHGCFYQQVKTKVFQLKRKEYEMKL
>NP_000006.2 arylamine N-acetyltransferase 2 [Homo sapiens]
MDIEAYFERIGYKNSRNKLDLETLTDILEHQIRAVPFENLNMHCGQAMELGLEAIFDHIVRRNRGGWCLQVNQLLYWALT
TIGFQTTMLGGYFYIPPVNKYSTGMVHLLLQVTIDGRNYIVDAGSGSSSQMWQPLELISGKDQPQVPCIFCLTEERGIWY
LDQIRREQYITNKEFLNSHLLPKKKHQKIYLFTLEPRTIEDFESMNTYLQTSPTSSFITTSFCSLQTPEGVYCLVGFILT
>NP_000007.1 medium-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial isoform a precursor [Homo sapiens]
MAAGFGRCCRVLRSISRFHWRSQHTKANRQREPGLGFSFEFTEQQKEFQATARKFAREEIIPVAAEYDKTGEYPVPLIRR
AWELGLMNTHIPENCGGLGLGTFDACLISEELAYGCTGVQTAIEGNSLGQMPIIIAGNDQQKKKYLGRMTEEPLMCAYCV
TEPGAGSDVAGIKTKAEKKGDEYIINGQKMWITNGGKANWYFLLARSDPDPKAPANKAFTGFIVEADTPGIQIGRKELNM
>NP_000008.1 short-chain specific acyl-CoA dehydrogenase, mitochondrial isoform 1 precursor [Homo sapiens]
MAAALLARASGPARRALCPRAWRQLHTIYQSVELPETHQMLLQTCRDFAEKELFPIAAQVDKEHLFPAAQVKKMGGLGLL
AMDVPEELGGAGLDYLAYAIAMEEISRGCASTGVIMSVNNSLYLGPILKFGSKEQKQAWVTPFTSGDKIGCFALSEPGNG
SDAGAASTTARAEGDSWVLNGTKAWITNAWEASAAVVFASTDRALQNKGISAFLVPMPTPGLTLGKKEDKLGIRGSSTAN
。
。
。
我写的这个有点慢，请问各位大神有什么更简单，快捷的程序，拜谢各位了。

RE_HASH

压缩文件貌似很大，你把它读到内存里有翻来覆去的倒了三遍，当然慢了。试试把大文件转换成>开始的单行文件file3，然后grep -f file2 file3 > result1
再把result1转换成短行的faa.

华小飞_Perl

试试引用来提升速度

litter_kid

回复 2# RE_HASH
大神的意思是先把文件处理好了在引用？

litter_kid

回复 3# 华小飞_Perl
我去试试，谢谢咯

RE_HASH

$> zcat file1.gz|tr '>\n' '\n:'|grep -f file2|perl -npe 's/:$//;s/:/\n/g;s/(^|\n+)NP/>NP/g' >result

litter_kid

回复 6# RE_HASH
谢谢大神了