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实现指定ID对应的信息的提取 [复制链接]

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发表于 2016-07-21 15:43 |显示全部楼层
大家好,我有个文件内容是这样的。
////
Query:                      c41000_g1_i1
KO:                         K13126        PABPC
Pathway:                    RNA degradation        KEGG PATHWAY        ko03018
                             mRNA surveillance pathway        KEGG PATHWAY        ko03015
                             RNA transport        KEGG PATHWAY        ko03013
////
Query:                      c91825_g1_i1
KO:                         K02013        ABC.FEV.A
Pathway:                    ABC transporters        KEGG PATHWAY        ko02010
////
Query:                      c28248_g1_i4
////
Query:                      c37845_g1_i1
KO:                         K08805        DCLK1_2
////
Query:                      c35426_g2_i2
KO:                         K01580        E4.1.1.15, gadB, gadA, GAD
Pathway:                    beta-Alanine metabolism        KEGG PATHWAY        ko00410
                             Taurine and hypotaurine metabolism        KEGG PATHWAY        ko00430
我想提取里面三个ID对应的信息:
c41000_g1_i1
c91825_g1_i1
c35426_g2_i2

想要的结果是这样的,
////
Query:                      c41000_g1_i1
KO:                         K13126        PABPC
Pathway:                    RNA degradation        KEGG PATHWAY        ko03018
                             mRNA surveillance pathway        KEGG PATHWAY        ko03015
                             RNA transport        KEGG PATHWAY        ko03013
////
Query:                      c91825_g1_i1
KO:                         K02013        ABC.FEV.A
Pathway:                    ABC transporters        KEGG PATHWAY        ko02010
////
Query:                      c35426_g2_i2
KO:                         K01580        E4.1.1.15, gadB, gadA, GAD
Pathway:                    beta-Alanine metabolism        KEGG PATHWAY        ko00410
                             Taurine and hypotaurine metabolism        KEGG PATHWAY        ko00430


请问如何实现,谢谢大家了!

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日期:2016-04-08 00:41:33操作系统版块每日发帖之星
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发表于 2016-07-21 17:55 |显示全部楼层
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  4. my %hKeys = map {$_, 1} qw /c41000_g1_i1 c91825_g1_i1 c35426_g2_i2/;
  5. my (%hData, $flag);
  6. while (<>){
  7.     next if (m~\A////~);
  8.     if (/Query:\s+(\S+)/){
  9.         $flag = $hKeys{$1} ? do {print "////\n$_"; 1} : 0;
  10.         next;
  11.     }
  12.     next if (!$flag);
  13.     print;
  14. }
复制代码
perl abc.pl abc
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Query:                      c41000_g1_i1
KO:                         K13126        PABPC
Pathway:                    RNA degradation        KEGG PATHWAY        ko03018
                             mRNA surveillance pathway        KEGG PATHWAY        ko03015
                             RNA transport        KEGG PATHWAY        ko03013
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Query:                      c91825_g1_i1
KO:                         K02013        ABC.FEV.A
Pathway:                    ABC transporters        KEGG PATHWAY        ko02010
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Query:                      c35426_g2_i2
KO:                         K01580        E4.1.1.15, gadB, gadA, GAD
Pathway:                    beta-Alanine metabolism        KEGG PATHWAY        ko00410
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