自写脚本 求指点

sunzhiguolu

回复 10# YQ_Liu
附件下载下来了, 先前出问题的那个回帖没有考虑到序列是由多行组成. 对于由多行组成的序列 (包含换行符) 进行截取的时候, 换行符如何处理, 是忽略还是包含在计数范围之内.
用一个实际的举例演示下, 看的明白些. 谢谢.

sunzhiguolu

回复 14# YQ_Liu
加入一行代码:

1. 
   
2. chomp;
   
3. $seq .= $_ if ($resume);
   

复制代码

华小飞_Perl

我也来写一个~

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use warnings;
   
4. use strict;
   
5. 
   
6. open DATA_1, '<', 'number.txt' or die "Can't open the file: $!";
   
7. open DATA_2, '<', 'ardb.faa' or die "Can't open the file: $!";
   
8. open OUT, '>', 'filter_data.txt' or die "Can't output the file: $!";
   
9.        
   
10. my %number;
    
11. while (<DATA_1>) {
    
12.         chomp;
    
13.         my @intermed = split /\t+/, $_;
    
14.         $number{$intermed[0]} = [ $intermed[1], $intermed[2] ];
    
15. }
    
16. 
    
17. {
    
18.         local $/ = "\n>";
    
19.         while (<DATA_2>) {
    
20.                 chomp;
    
21.                 my @fasta = split /\s+/, $_;
    
22.                 my $id = shift @fasta;
    
23.                 $id =~ s/>//;
    
24.                 my $seq = join "", @fasta;
    
25.                 if ( exists $number{$id} ) {
    
26.                         my $catch_string = substr( $seq, ( $number{$id}->[0] - 1 ),
    
27.                                 ( $number{$id}->[1] - $number{$id}->[0] )+1 );
    
28.                         my @result = ( $id, $number{$id}->[0], $number{$id}->[1], $catch_string );
    
29.                         print OUT join "\t", @result, "\n";
    
30.                 }
    
31.         }
    
32. }

复制代码

华小飞_Perl

楼主是做生物信息的啊，原来是蛋白序列。

华小飞_Perl

回复 19# YQ_Liu

问题能解决就好