perl编程：关于bed文件制作求助

jiangphoenix

chr1    4589    76
chr1    4590    76
chr1    4591    76
chr1    4592    76
chr1    4593    76
chr1    4594    76
chr1    59497   168
chr1    59498   168
chr1    59499   168
chr1    59500   168
chr1    59501   168
chr1    59502   169
chr1    59503   169
chr1    1138915 38
chr1    1138916 38
chr1    1138917 38
chr1    1138918 38
chr1    1138919 38
chr1    1138920 38
chr1    1138921 38
chr1    1138922 38
chr2    3583635    21
chr2    3583636    21
chr2    3583637    21
chr2    3583638    20
chr2    3583639    20
chr2    3583640    20
chr2    3583641    20
chr2    3583642    20
chr2    3583705    20
chr2    3583706    20
chr2    3583785    22
chr2    3583786    22
chr2    3583787    22
chr2    3583788    22
chr2    3583789    22
chr2    3583790    22
chr2    3583791    22
chr2    3583792    22
chr2    3583793    22
chr2    3583794    22
chr2    3583795    22
chr2    3583796    22
chr2    3583797    22
chr2    3583798    22
chr2    3583799    22
chr2    3583800    22
chr2    3583801    22
chr2    3583802    22
chr2    3583803    22
chr2    3583804    22
chr2    3583805    22
chr2    3583806    22
chr2    3583807    22
chr2    3583808    22
chr2    3583809    22
chr2    3583810    22
chr2    3583811    22
chr2    3583812    22

我这里有一个depth深度的文件 我想把它制作成下面这个格式：
chr1 4589 4594
chr1  59497 59503
chr1 1138915 1138922
chr2 3583635 3583706
chr2 3583785 3583812

求各位大神们指导下啊，编程不太会，谢谢啦

华小飞_Perl

做生信的啊！

sunzhiguolu

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. my @aData = map {[@{$_}[0, 1, 1]]} [split (' ', scalar <>)];
   
6. 
   
7. while (<>){
   
8.     my ($id, $val) = split;
   
9.     if ($aData[-1][0] eq $id){
   
10.         my $next = $aData[-1][-1] + 1;
    
11.         $next == $val ? ($aData[-1][-1] = $next) : push (@aData, [$id, $val, $val]);
    
12.         next;
    
13.     }
    
14.     push (@aData, [$id, $val, $val]);
    
15. }
    
16. 
    
17. print "@$_\n" for @aData;

复制代码

perl abc.pl a
------------------------------------------------
chr1 4589 4594
chr1 59497 59503
chr1 1138915 1138922
chr2 3583635 3583642
chr2 3583705 3583706
chr2 3583785 3583812

jiangphoenix

回复 3# sunzhiguolu

真心没太看懂，不过还是谢谢啦，程序我照着写啦，但是跑不通

jiangphoenix

回复 2# 华小飞_Perl

是的

jiangphoenix

jiangphoenix 发表于 2016-09-14 09:43
回复 3# sunzhiguolu

真心没太看懂，不过还是谢谢啦，程序我照着写啦，但是跑不通

跑通啦 十分感谢！

yinyuemi

回复 6# jiangphoenix

不是有现成的工具吗？bedtools， samtools，。。。

jiangphoenix

回复 3# sunzhiguolu

bed文件出来后我还想处理下


我想文中类似于这三行的内容合并成一行 结果类似于 chr1 22061105 22061222，这我该怎么办啊
非常感谢=。= 我对perl对这种问题的处理不是很懂。。。

jiangphoenix

回复 7# yinyuemi

bedtools合并出来的bed文件overlap区域太多，重复的也太多，，，，

sunzhiguolu

回复 8# jiangphoenix
我对你提出的问题的不是很懂, 能否详细一点?