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楼主: 酸奶盒

【新手】怎么用perl写一个脚本比较两个基因文件里相同的语段再输出到新的文件里 [复制链接]

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发表于 2017-02-23 16:41 |显示全部楼层
本帖最后由 moperyblue 于 2017-02-23 16:44 编辑

回复 19# 酸奶盒

很明显 原始数据跟你提供的内容格式不一样
  1. awk -F'[:|\t]' 'NR==FNR{a[$2$3$1]=1;next}a[$2$3$4]'  GaA_GbA.txt GbA_GaA.txt > C
复制代码

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发表于 2017-02-23 21:21 |显示全部楼层
回复 21# moperyblue

抱歉。。若是说.txt的话是我后来加上去的,我是把服务器上的linux转存过来的

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发表于 2017-02-23 21:26 |显示全部楼层
回复 21# moperyblue

成功了耶!!!呃呃呃请教一下,这个是用的linux自带的bush shell么。。这之前我都是自己写脚本做这种事= =但是写的很烂= =

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发表于 2017-02-23 21:31 |显示全部楼层
回复 23# 酸奶盒


一般linux系统都有awk工具 你可以查一下 man awk

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发表于 2017-02-23 21:35 |显示全部楼层
回复 24# moperyblue

会很难么 O O刚才我整理了下数据发现拿到别的基因组就不行了,是表达式不能通用么QAQ

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发表于 2017-02-23 21:39 |显示全部楼层
回复 24# moperyblue

我发现还是会有一些问题,能不能加个QQ或者什么的好友教我一下,我是刚学这些的新手。。拜托啦啦啦OwO

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发表于 2017-02-23 22:29 |显示全部楼层
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  4. my %hData = ();
  5. while (<>){
  6.         my ($c1, $c2) = split (' ', $_, 3);
  7.         if (@ARGV){
  8.                 push (@{$hData{"$c1 $c2"}{$ARGV}}, $_);
  9.                 next;
  10.         }
  11.         ($c1, $c2) = ("gnl|$c2", $c1);
  12.         $c1 =~ y/:/|/;
  13.         next unless (exists ($hData{"$c1 $c2"}));
  14.         push (@{$hData{"$c1 $c2"}{$ARGV}}, $_);
  15. }

  16. foreach my $id (keys %hData){
  17.         my ($x, $y) = keys %{$hData{$id}};
  18.         next if ($x xor $y);
  19.         print @{$hData{$id}{$_}} for ($x, $y);
  20. }
复制代码

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发表于 2017-02-23 22:31 |显示全部楼层
  1. perl abc.pl GbA_GaA.txt GaA_GbA.txt|wc -l
  2. 62362
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发表于 2017-02-23 22:51 |显示全部楼层
回复 25# 酸奶盒


应该是那些文件跟你提供的那两个文件的数据格式不一样吧 你查看一下

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发表于 2017-02-23 22:58 |显示全部楼层
回复 26# 酸奶盒


有问题发出来一起讨论吧

1. info awk

2.
http://bbs.chinaunix.net/thread-2309494-1-1.html
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