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楼主: 酸奶盒

【新手】怎么用perl写一个脚本比较两个基因文件里相同的语段再输出到新的文件里 [复制链接]

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综合交流区版块每日发帖之星
日期:2016-07-06 06:20:00综合交流区版块每日发帖之星
日期:2016-08-16 06:20:00
发表于 2017-02-24 10:35 |显示全部楼层
#,支持一下 楼主加油

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发表于 2017-02-24 15:51 |显示全部楼层
回复 29# moperyblue

hh好的谢谢啦,但是在linux中也会有格式的区分么还有。。我这个账号刚注册好像是不能私聊消息,没权限

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发表于 2017-02-24 15:51 |显示全部楼层
回复 31# sditmaner

hhh好吧,来来来帮帮我

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发表于 2017-02-24 15:53 |显示全部楼层
回复 29# moperyblue

哦哦是说他们需要的正则表达式不一样么?O O

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发表于 2017-02-24 16:11 |显示全部楼层
回复 29# moperyblue

我还是不太懂,我用这个程序,输出的文件是哪个 还有62362是什么意思

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15-16赛季CBA联赛之八一
日期:2016-02-22 19:10:4215-16赛季CBA联赛之青岛
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发表于 2017-02-24 16:13 |显示全部楼层
回复 34# 酸奶盒


别的基因组数据格式跟你提供的这两个文件( GaA_GbA.txt GbA_GaA.txt)格式不一样

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发表于 2017-02-24 16:16 |显示全部楼层
回复 35# 酸奶盒


  1. wc -l GaA_GbA.txt GbA_GaA.txt C
  2.    41444 GaA_GbA.txt
  3.    62243 GbA_GaA.txt
  4.    31182 C
复制代码


C文件 31182行记录就是两个文件相同"key"的记录

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发表于 2017-02-24 16:26 |显示全部楼层
回复 36# moperyblue

orz那能不能再帮我看一下,现在还有四对需要匹配,

GbD_GbA.rar

2.11 MB, 下载次数: 4

GhA_GaA.rar

1.33 MB, 下载次数: 4

GhD_GhA.rar

1.29 MB, 下载次数: 5

GhD_GrD.rar

1.88 MB, 下载次数: 4

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发表于 2017-02-24 16:31 |显示全部楼层
回复 37# moperyblue

哦哦 但是我用那个脚本没有输出文件呀orz

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发表于 2017-02-24 16:40 |显示全部楼层
回复 39# 酸奶盒


  1. awk -F'[:|\t]' 'NR==FNR{a[$2$3$1]=1;next}a[$2$3$4]'  GaA_GbA.txt GbA_GaA.txt > C
复制代码


这样会没输出C文件?
是linux吗?
有awk工具? awk --version
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