求助小脚本编写

kevin_furant

脚本读入两个文件 lst1和lst2
lst1：
RRA45973,RRA45973,CACTTCGA,,
RRA45974,RRA45974,CAGCGTTA,,
RRA45975,RRA45975,CATACCAA,,
RRA45976,RRA45976,CCAGTTCA,,
RRL06701,RRL06701,ATCCTGTA,,
需求把后面的8个碱基加两个逗号删除，碱基有的时候是6个。
lst2:
ATTACTCG        TATAGCCT
ATTACTCG        ATAGAGGC
ATTACTCG        CCTATCCT
ATTACTCG        GGCTCTGA
ATTACTCG        AGGCGAAG
要求把中间的空格换成逗号隔开。
写一个脚本把做完修改的两个文件对应行粘到一起，结果就像
RRA45973,RRA45973,ATTACTCG，TATAGCCT
.
.
.
请教各位大神应该怎么写，小弟初学，自己写的运行起来有问题。

sunzhiguolu

能否将你的要求说的详细一点，对生物信息的知识比较匮乏。另外，将希望得到的结果提出来。

kevin_furant

回复 2# sunzhiguolu
就是说lst1那个文件每行的最后两个逗号加上【ATGC】组成的8个（有的时候是六个）字符我要把它删了，替换成list2中的相应行，但是list2中的每行要把中间的空格换成逗号，最终的结果就是我贴子上已经粘的那个结果，只不过我只是贴了一行，已知lst1和lst2这两个文件行数是一样的，有多少行就输出多少个合并后的行。

kevin_furant

回复 2# sunzhiguolu
lst1每行改完后的结果就像这样：RRA45973，RRA45973，
lst2每行改完后的结果就像这样：ATTACTCG，TATAGCCT
最终希望的结果是把这两行粘成一行
RRA45973，RRA45973，ATTACTCG，TATAGCCT
lst1中有多少行就打印出多少行。

moperyblue

1. paste -d '' <(sed 's/\w*,*$//' lst1) <(sed -r 's/\s+/,/' lst2)

复制代码

?

kevin_furant

回复 5# moperyblue
因为这是这两个文件的一部分，如果只是用paste命令用正则的话会把一些不需要修改的地方也改了，我粘出来的只是这两个文件需要修改的部分。所以我还是希望能有一个只是针对上面我给出的两个文件的小脚本。

moperyblue

回复 6# kevin_furant

可以只针对符合条件的记录修改后 再 连接起来

华小飞_Perl

感觉怎么像index

kevin_furant

回复 8# 华小飞_Perl
其实就是index，拆分双端index的时候有些东西需要改，显得麻烦所以就想搞一搞。楼上的方法其实就能实现，不过我正在学perl，我想看一下别人怎么写的  为什么我自己写的不能达到效果。

华小飞_Perl

回复 9# kevin_furant

楼上大神们的建议很不错，双端拆分的话应该是miseq / nextseq / miniseq平台的下机数据咯~