修改一个路径下多个子目录内的两个文件

kevin_furant

假如这个路径为：/TJPROJ1/XJ/WORK/auto_demultiplexed/01.HiseqX/161230_ST-E00251A
此目录下有8个子目录分别为：
161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.0
161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.1
161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.2
161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.3
161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.4
161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.5
161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.6
161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.7
这8个目录下每个目录下都有RunInfo.xml和SampleSheet.csv这两个文件，在shell下我是用 sed -i s/"159"/"157"/g RunInfo.xml 去修改 RUNinfo.xml;用 sed -ri '\''s/,([ATCG]{6})../,\1/g'\'' SampleSheet.csv去修改 SampleSheet.csv
RUNinfo.xml内容如下：
<?xml version="1.0"?>
<RunInfo xmlnssd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlnssi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" Version="3">
  <Run Id="161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX" Number="273">
    <Flowcell>HF3GHALXX</Flowcell>
    <Instrument>ST-E00251</Instrument>
    <Date>161230</Date>
    <Reads>
      <Read FirstCycle="1" LastCycle="150" IsIndexedRead="N" />
      <Read FirstCycle="152" LastCycle="159" IsIndexedRead="Y" />
      <Read FirstCycle="160" LastCycle="309" IsIndexedRead="N" />
SampleSheet.csv的内容如下：
[Header],,,,
Investigator Name,Jason,,,
Project Name,Novogene,,,
Experiment Name,X_test,,,
Date,161230,,,
Workflow,GenerateFASTQ,,,
[Data],,,,
SampleID,SampleName,index,index2
DHG10670,DHG10670,TCCGTCTA,,
DHG10757,DHG10757,AGAGTCAA,,
DHG10760,DHG10760,AGTCACTA,,
DHG10672,DHG10672,TGAAGAGA,,
DHG10673,DHG10673,TGGAACAA,,
DHG10674,DHG10674,TGGCTTCA,,
DHG10675,DHG10675,TGGTGGTA,,
DHG10676,DHG10676,TTCACGCA,,
DHG10677,DHG10677,AACTCACC,,
DHG10748,DHG10748,AGTACAAG,,
DHG10756,DHG10756,ACTATGCA,,
如果SampleSheet.csv中标颜色的地方为一行，就把后面标红色字的地方给删了，如果不是我就挑几个目录进去把这两个文件用上面的正则修改了，如果我挑中161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.0和161230_ST-E00251_0273_AHF3GHALXX.1那么就只进入这两个目录下修改 RunInfo.xml和SampleSheet.csv，请问这应该怎么做，先在这谢谢各位大神了！

kevin_furant

大神们给点意思啊  提供点思路我去了解了解也好啊。

iamlimeng

回复 2# kevin_furant

你1楼描述的思路已经很清晰了，按这个思路写代码即可。

kevin_furant

回复 3# iamlimeng
哥啊，可是我菜啊，光有思路不行的啊，我是试着写过但是不成功，有些地方我现在还整不明白。

华小飞_Perl

竟然是illumina上机samplesheet和配置文件！

kevin_furant

回复 5# 华小飞_Perl 一眼就看出来了，大神你好！

华小飞_Perl

kevin_furant 发表于 2017-03-15 18:34
回复 5# 华小飞_Perl 一眼就看出来了，大神你好！

你好 算不上大神 只是平时经常会用而已

kevin_furant

回复 7# 华小飞_Perl
若可以的话，能加个QQ好友吗？2359646612，我看你对illumina平台也是挺熟悉的想必你们用的也是illumina的下机数据

kevin_furant

1. #! usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. use Getopt::Long;
   
5. use Tie::File;
   
6. my ($ets, $blan, $fc, $wkdir );
   
7. my %opt;
   
8. GetOptions(\%opt, qw(ets=s blan=s fc=s wkdir=s));
   
9. $ets=$opt{'ets'} if ($opt{'ets'});
   
10. $blan=$opt{'blan'} if ($opt{'blan'});
    
11. $fc=$opt{'fc'} if ($opt{'fc'});
    
12. $wkdir=$opt{'wkdir'} if ($opt{'wkdir'});
    
13. my $dir="/TJPROJ4/XJ/WORK/auto_demultiplexed/01.HiseqX";
    
14. my $rdir="$dir/$wkdir/$fc";
    
15. #print $rdir;
    
16. if (defined $ets){
    
17. my @Aets= split(//, $ets);
    
18. foreach my $d(@Aets){
    
19.         my $tdir="$rdir.$d";
    
20.         chdir "$tdir";
    
21. #print `pwd`;
    
22.         my @Sam=glob "S*";
    
23.         my @Rnam=glob "R*";
    
24. my $Sfile=shift(@Sam);
    
25. my $Rfile=shift(@Rnam);
    
26.         my @array;
    
27.         tie (@array, 'Tie::File', $Sfile) or die;
    
28.         for(@array){
    
29.                 s/,([ATCG]{6})../,$1/g;
    
30.         }
    
31. untie @array;
    
32.     tie (@array, 'Tie::File', $Rfile) or die;
    
33.     for(@array){
    
34.         s/"159"/"157"/g;
    
35.     }
    
36. untie @array;
    
37.         }
    
38. }
    
39. if (defined $blan){
    
40. my @Ablan = split(//, $blan);
    
41. foreach my $f(@Ablan){
    
42.         my $tdir="$rdir.$f";
    
43.         chdir "$tdir";
    
44.         my @Sam=glob "S*";
    
45. my $Sfile=shift(@Sam);
    
46.         my @array;
    
47.         tie (@array, 'Tie::File', $Sfile) or die;
    
48.         for(@array){
    
49.                 s/[ATGC]{6,8}//g;
    
50.         }
    
51. untie @array;
    
52. 
    
53. }
    
54. }

复制代码