perl中的哈希

Quinta11

求大神指导：
读取一个文件input.txt,以序列（包含ATCG的那一行）为key，根据count，把具有相同key的序列count求和，并按求和后的count从大到小排列（按value排序）

比如：
输入文件为：
>2_count=108445
CATGTCGGACTGTAGAACTCT
>17_count=26451
CATGAGGAAAGCAGCAGCCAA
>23_count=20451
CATGGCCCTGGGGCCTCAATAA
>32_count=16310
CATGATGGGCCGTTAATAAAGT
>56_count=10679
CATGTTCATTATAATCTCAAA
>58_count=10041
CATGAGTCCATCAAAAAAAAA
>72_count=8474
CATGTTCATTATAATCTCAAAG
>74_count=8406
CATGTGGTAAAGCTGTTTGAG

输出文件格式：
>1_count=108445
CATGTCGGACTGTAGAACTCT
>2_count=26451
CATGAGGAAAGCAGCAGCCAA
>3_count=20451
CATGGCCCTGGGGCCTCAATAA
>4_count=16310
CATGATGGGCCGTTAATAAAGT
>5_count=10679
CATGTTCATTATAATCTCAAA
>6_count=10041
CATGAGTCCATCAAAAAAAAA
>7_count=8474
CATGTTCATTATAATCTCAAAG
>8_count=8406
CATGTGGTAAAGCTGTTTGAG

Quinta11

刚刚开始学perl，很多不会的，求指导，谢谢

Okelani

perl count.pl input.txt > output.txt

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. use 5.016;
   
3. 
   
4. my %HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count;
   
5. while (<>) {
   
6.     chomp;
   
7.     my ( undef, $INTEGER_count ) = split '=';
   
8.     my $STRING_key = <>;
   
9.     $HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count{$STRING_key} += $INTEGER_count;
   
10. }
    
11. 
    
12. my $INTEGER_count = 1;
    
13. for my $STRING_key (
    
14.     sort {
    
15.         $HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count{$b}
    
16.           <=> $HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count{$a}
    
17.     } keys %HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count
    
18.   )
    
19. {
    
20.     say '>', $INTEGER_count++, '_count=',
    
21.       $HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count{$STRING_key};
    
22.     print $STRING_key;
    
23. }
    
24. 
    

复制代码

Quinta11

回复 3# Okelani

非常感谢您！问题完美解决了，谢谢

sunzhiguolu

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. my @aData = ();
   
6. while(<DATA>){
   
7.         my ($n, $v) = /=(.*)/ ? (0, $1) : (1, /(.*)/);
   
8.         $n ? push(@{$aData[-1]}, $v) : push(@aData, [$v]);
   
9. }
   
10. 
    
11. foreach(sort {$aData[$b][0] <=> $aData[$a][0]} 0 .. $#aData){
    
12.         printf(">%d_count=%d\n%s\n", $_, @{$aData[$_]});
    
13. }
    
14. 
    
15. __DATA__
    
16. >2_count=108445
    
17. CATGTCGGACTGTAGAACTCT
    
18. >17_count=26451
    
19. CATGAGGAAAGCAGCAGCCAA
    
20. >23_count=20451
    
21. CATGGCCCTGGGGCCTCAATAA
    
22. >32_count=16310
    
23. CATGATGGGCCGTTAATAAAGT
    
24. >56_count=10679
    
25. CATGTTCATTATAATCTCAAA
    
26. >58_count=10041
    
27. CATGAGTCCATCAAAAAAAAA
    
28. >72_count=8474
    
29. CATGTTCATTATAATCTCAAAG
    
30. >74_count=8406
    
31. CATGTGGTAAAGCTGTTTGAG
    

复制代码