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perl中的哈希 [复制链接]

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发表于 2017-04-21 19:37 |显示全部楼层
求大神指导:
读取一个文件input.txt,以序列(包含ATCG的那一行)为key,根据count,把具有相同key的序列count求和,并按求和后的count从大到小排列(按value排序)

比如:
输入文件为:
>2_count=108445
CATGTCGGACTGTAGAACTCT
>17_count=26451
CATGAGGAAAGCAGCAGCCAA
>23_count=20451
CATGGCCCTGGGGCCTCAATAA
>32_count=16310
CATGATGGGCCGTTAATAAAGT
>56_count=10679
CATGTTCATTATAATCTCAAA
>58_count=10041
CATGAGTCCATCAAAAAAAAA
>72_count=8474
CATGTTCATTATAATCTCAAAG
>74_count=8406
CATGTGGTAAAGCTGTTTGAG

输出文件格式:
>1_count=108445
CATGTCGGACTGTAGAACTCT
>2_count=26451
CATGAGGAAAGCAGCAGCCAA
>3_count=20451
CATGGCCCTGGGGCCTCAATAA
>4_count=16310
CATGATGGGCCGTTAATAAAGT
>5_count=10679
CATGTTCATTATAATCTCAAA
>6_count=10041
CATGAGTCCATCAAAAAAAAA
>7_count=8474
CATGTTCATTATAATCTCAAAG
>8_count=8406
CATGTGGTAAAGCTGTTTGAG

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发表于 2017-04-21 19:37 |显示全部楼层
刚刚开始学perl,很多不会的,求指导,谢谢

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发表于 2017-04-21 22:33 |显示全部楼层
本帖最后由 Okelani 于 2017-04-21 22:39 编辑

perl count.pl input.txt > output.txt
  1. #!/usr/bin/perl -w
  2. use 5.016;

  3. my %HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count;
  4. while (<>) {
  5.     chomp;
  6.     my ( undef, $INTEGER_count ) = split '=';
  7.     my $STRING_key = <>;
  8.     $HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count{$STRING_key} += $INTEGER_count;
  9. }

  10. my $INTEGER_count = 1;
  11. for my $STRING_key (
  12.     sort {
  13.         $HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count{$b}
  14.           <=> $HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count{$a}
  15.     } keys %HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count
  16.   )
  17. {
  18.     say '>', $INTEGER_count++, '_count=',
  19.       $HASHTABLE_STRING_key_INTEGER_count{$STRING_key};
  20.     print $STRING_key;
  21. }

复制代码

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发表于 2017-04-22 09:29 |显示全部楼层
回复 3# Okelani

非常感谢您!问题完美解决了,谢谢

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发表于 2017-04-23 14:24 |显示全部楼层
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  4. my @aData = ();
  5. while(<DATA>){
  6.         my ($n, $v) = /=(.*)/ ? (0, $1) : (1, /(.*)/);
  7.         $n ? push(@{$aData[-1]}, $v) : push(@aData, [$v]);
  8. }

  9. foreach(sort {$aData[$b][0] <=> $aData[$a][0]} 0 .. $#aData){
  10.         printf(">%d_count=%d\n%s\n", $_, @{$aData[$_]});
  11. }

  12. __DATA__
  13. >2_count=108445
  14. CATGTCGGACTGTAGAACTCT
  15. >17_count=26451
  16. CATGAGGAAAGCAGCAGCCAA
  17. >23_count=20451
  18. CATGGCCCTGGGGCCTCAATAA
  19. >32_count=16310
  20. CATGATGGGCCGTTAATAAAGT
  21. >56_count=10679
  22. CATGTTCATTATAATCTCAAA
  23. >58_count=10041
  24. CATGAGTCCATCAAAAAAAAA
  25. >72_count=8474
  26. CATGTTCATTATAATCTCAAAG
  27. >74_count=8406
  28. CATGTGGTAAAGCTGTTTGAG
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