shell/R

biobaby

各位大神：
我这里有一个文件file.txt：分别是基因不同位置上的数目，显示如下：
geneA   pos1   3
geneA   pos2   9
geneA   pos4   1
geneA   pos5   2
geneB   pos1   3
geneB   pos3   9
geneB   pos4   3
geneC   pos1   2

geneC   pos2   2

geneC   pos3   8

geneC   pos4   3

geneC   pos5   6

现在想要生成一个矩阵，每一行代表一个基因 每一列代表一个位置，没有信息的地方补0，结果如下：
             pos1   pos2   pos3   pos4   pos5
geneA    3        9        0        1        2   
geneB    3        0        9        3        0
geneC    2        2        8        3        6

请问老师们如何才能实现？谢谢！

zxy877298415

回复 1# biobaby

1. awk '!b[$1]++{c[++s]=$1}{a[$1 $2]=$NF;}END{for(i in b) if(b[i]>p) {p=b[i]} for(i=1;i<=p;i++) {if(i==1) printf "\tpos"i"\t"; else printf "pos"i"\t"}print xxx;for(i=1;i<=s;i++) {printf c[i]"\t";for(j=1;j<=p;j++) {t=a[c[i] "pos"j];if(t) {printf t"\t"} else {printf "0\t"}}" ";print xxx} }' file
   
2. pos1 pos2 pos3 pos4 pos5
   
3. geneA 3 9 0 1 2
   
4. geneB 3 0 9 3 0
   
5. geneC 2 2 8 3 6

复制代码

biobaby

你好 请问可以解释一下吗？回复 2# zxy877298415