用perl实现不同组别数据的提取

只如初见407

原始数据如图所示目的：想把不同的组别中的数据分别提取出来（分成A/B/C三组），并计算每组中的每个变量（var1-var10）的平均值
结果输出如图
请各位大神指教

只如初见407

各位怎么都不回答呢？
还是贴一个大神的代码吧！

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. 
   
4. @ARGV != 1 || die "require 2 parameters";
   
5. my ($groupfile, $relafile) = @ARGV;
   
6. my(@temp1, %group, $toptable, @names, @data, @array);
   
7. open GROUP, "<", $groupfile;
   
8. 
   
9. while(<GROUP>){
   
10.     chomp;
    
11.     @temp1 = split "\t"; $_;
    
12.     $group{$temp1[0]} = $temp1[1];
    
13.     push @array, $temp1[1];       
    
14. }
    
15. print "id" . "\t";
    
16. foreach my $i (0..$#array){
    
17.     print  $array[$i] . "_ave" . "\t" . $array[$i] . "_std\t" if $array[$i] ne $array[$i+1];
    
18.    next;
    
19.         }
    
20. print "\n";
    
21. 
    
22. open IN, "<", $relafile;
    
23. chomp ($toptable = <IN>);
    
24. @names = split "\t", $toptable;
    
25. 
    
26. while(<IN>){
    
27.     chomp;
    
28.     @data = split "\t";
    
29.     my %hash1;
    
30.     foreach my $index (1..$#data) {
    
31.         my $key = $group{$names[$index]};
    
32.         if ($hash1{$key}){
    
33.             push @{$hash1{$key}}, $data[$index];
    
34.         }else {
    
35.             $hash1{$key} = [$data[$index]];
    
36.         }
    
37.     }
    
38.     print $data[0] . "\t";
    
39.     foreach my $elen ( sort keys %hash1) {
    
40.         print average(@{$hash1{$elen}}) . "\t" . std(@{$hash1{$elen}}) . "\t";
    
41.     }
    
42.     print "\n"

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hxswdl

这个excel不到一分钟就搞定了，为啥要麻烦写个脚本

只如初见407

回复 3# hxswdl

问得好，，作为生信人，这个问题我竟一时不知如何回答

zhouzhen1

这种问题用R来写的话10行内搞定

1. library(reshape2)
   
2. library(dplyr)
   
3. 
   
4. data <- read.csv("in.csv")
   
5. data_melt <- melt(data)
   
6. data_melt$series <- substr(as.character(data_melt$variable), 1, 1)
   
7. data_mean <- data_melt %>% group_by(id, series) %>% summarise_at("value", mean)
   
8. data_rslt <- dcast(data_mean, id ~ series)
   
9. write.csv(data_rslt, "out.csv")
   

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