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比较两个vcf文件,输出突变位点的文件 [复制链接]

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发表于 2017-08-14 22:33 |显示全部楼层
两个vcf文件,比较两个文件,输出文件中第一列,第二列相同,后面的列表元素进行合并输出到一个文件。
表1:CHR     Pos     Ref     Alt     CS1220  CS1270  H43-1_S H43-2_S H43-3_S H43-4_S H43-5_S H43-6_S H43-7_S
       scaffold2771    408     A       C       1/1     0/0     0/0     0/1     1/1     1/1     1/1     0/1     0/0
      scaffold2771    472     T       C       0/0     0/1     1/1     1/1     0/0     0/1     0/0     -       0/0
      scaffold2771    616     T       A       0/0     0/0     -       0/1     -       -       -       -       0/0
   C18685956       200     A       G       0/0     0/0     -       0/1     -       -       -       0/0     -
     C18685956       311     A       C       0/1     0/0     -       1/1     -       -       -       0/1     -
     C18685956       348     T       C       0/0     1/1     -       0/0     -       -       -       -       -
      C18592838       61      G       C       1/1     0/0     0/0     -       -       0/0     0/0     0/1     -
     C18592838       262     G       C       1/1     0/0     0/0     -       -       0/1     0/0     -       -
   C18592838       271     A       G       0/0     0/0     0/0     -       -       0/1     0/0     -       -
      C18592838       273     G       A       0/0     0/0     0/0     -       -       0/1     0/0     -       -
      C18592838       283     C       T       0/0     0/0     0/1     -       -       0/0     0/0     -       -
      C18559687       200     G       A       0/0     0/0     0/1     -       0/0     0/0     0/0     -       -
表2:
CHR     Pos     Ref     Alt     CS1303  CS1353  L18-1_S L18-4_S L18-51_S        L18-52_S        L18-53_S        L18-5_S L18-6
       C18678266       115     C       T       0/0     0/0     0/1     -       -       -       -       -       0/0     -
     C18678266       206     C       A       1/1     0/1     -       -       -       0/1     -       -       0/0     -
      scaffold2771    408     A       C       0/0     0/1     0/1     -       0/1     -       1/1     -       0/1     0/1
      scaffold2771    436     G       C       0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     -       0/1     -       0/1     0/1
      scaffold2771    472     T       C       0/0     0/0     0/0     0/1     0/1     -       0/0     -       0/1     0/1
  C18473542       54      T       C       0/0     0/0     0/1     -       0/0     -       -       -       -       -
     C18473542       216     G       T       0/0     0/0     0/1     -       0/0     -       -       -       -       -
      C18685956       101     G       A       0/0     0/0     0/1     0/1     -       -       -       -       -       -
     C18685956       311     A       C       0/0     0/0     0/1     0/0     0/1     -       1/1     -       -       -
    C18685956       348     T       C       1/1     0/1     0/1     0/0     0/1     -       0/1     -       -       -
    C18592838       61      G       C       0/0     0/0     0/1     0/0     -       -       -       0/0     -       0/1
     C18559687       102     T       C       1/1     1/1     -       1/1     1/1     1/1     0/0     1/1     0/1     1/1

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发表于 2017-08-15 00:10 |显示全部楼层
输出结果,给个示例?

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发表于 2017-08-15 16:44 |显示全部楼层
回复 2# sunzhiguolu

CHR     Pos     Ref     Alt     CS1220  CS1270  H43-1_S H43-2_S H43-3_S H43-4_S H43-5_S H43-6_S H43-7_S CS1303  CS1353  L18-1_
chr17 2310572   T G 0/0 0/0 - 0/1 0/0 0/0 0/0 - 0/0     0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 1/1
chr5 16209058   T C 1/1 1/1 0/1 1/1 - 1/1 1/1 1/1 1/1   1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 - 0/1 1/1
chr16 11892565  A G 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/1 0/0 0/1 0/0 -
chr20 5647323   A T 0/0 0/0 0/0 0/1 - 0/0 0/0 - 0/0     0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/1 0/1 0/1 0/1
chr19 17682303  A G 0/0 0/1 1/1 - - 0/0 0/1 0/0 0/1     1/1 0/0 - 0/1 1/1 - 0/1 - - 0/0
chr5 1853195    C T 1/1 0/1 - - - - - 0/0 0/0   1/1 0/1 0/0 0/0 - - - 0/0 0/1 -
chr8 26237839   A G 1/1 1/1 1/1 0/1 - 1/1 1/1 1/1 1/1   1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 1/1 - 1/1 0/1 0/1
chr8 23447232   C T 0/1 1/1 0/0 0/0 0/1 0/1 0/0 - 0/1   0/1 1/1 0/0 0/0 0/0 - 0/1 0/0 - 0/0
chr19 15607780  G T 0/1 0/0 0/1 1/1 1/1 0/0 - 0/0 -     0/1 1/1 - - 0/0 0/0 0/0 - 0/0 -
chr8 23551520   G A 0/0 0/0 0/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 1/1 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0 0/0
chrZ 9894602    G A 1/1 0/0 - 1/1 0/0 0/1 0/1 0/0 -     1/1 0/1 - 0/0 - 0/1 0/0 - - 0/0
chr19 15667429  C T 0/0 0/0 0/0 0/1 0/0 - 0/0 0/0 0/0   0/0 0/0 - - 0/1 - - 0/1 - -
结果是这样的,求赐教,谢谢了!

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子鼠
日期:2014-10-11 16:46:482015亚冠之萨济拖拉机
日期:2015-05-22 11:38:53黑曼巴
日期:2016-07-19 15:03:1115-16赛季CBA联赛之四川
日期:2017-05-16 16:38:5515-16赛季CBA联赛之天津
日期:2017-06-29 10:34:4315-16赛季CBA联赛之青岛
日期:2017-08-17 19:55:2415-16赛季CBA联赛之浙江
日期:2017-08-24 16:55:1715-16赛季CBA联赛之佛山
日期:2017-08-28 17:11:552016科比退役纪念章
日期:2017-09-02 15:42:47
发表于 2017-08-15 17:40 |显示全部楼层
我发错了……

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15-16赛季CBA联赛之八一
日期:2016-02-22 19:10:4215-16赛季CBA联赛之深圳
日期:2016-12-01 10:34:0415-16赛季CBA联赛之新疆
日期:2016-12-07 10:24:2915-16赛季CBA联赛之同曦
日期:2016-12-15 12:06:43CU十四周年纪念徽章
日期:2016-12-18 13:03:4415-16赛季CBA联赛之吉林
日期:2017-01-03 15:52:2515-16赛季CBA联赛之辽宁
日期:2017-01-04 14:58:2415-16赛季CBA联赛之辽宁
日期:2017-01-15 09:42:512016科比退役纪念章
日期:2017-02-06 17:21:50黑曼巴
日期:2017-02-10 15:46:1215-16赛季CBA联赛之上海
日期:2017-03-18 10:14:5415-16赛季CBA联赛之青岛
日期:2017-03-18 22:00:44
发表于 2017-08-15 17:41 |显示全部楼层

  1. awk 'NR==FNR{s=$5;for(i=6;i<=NF;i++)s=s FS $i;a[$1$2]=s;next}a[$1$2]{$++NF=a[$1$2];print}' 2.vcf 1.vcf|column -t > out.txt
复制代码

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日期:2015-09-24 06:20:00
发表于 2017-08-15 22:17 |显示全部楼层
本帖最后由 sunzhiguolu 于 2017-08-15 22:19 编辑
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  4. my $data = {};
  5. while(<>){
  6.                 s/\A\s+|\s+\z//g;
  7.                 my ($a, $b, $tail) = split(' ', $_, 3);
  8.                 my $k = $a . $b;
  9.                 if(!exists($data->{$k})){
  10.                         $data->{$k} = $_;
  11.                         next;
  12.                 }
  13.                 print("$data->{$k}\t$tail\n");
  14. }
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发表于 2017-08-16 09:13 |显示全部楼层
回复 6# sunzhiguolu

非常感谢,

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发表于 2017-08-16 14:49 |显示全部楼层
很乱,看着头疼,我不想编写。但是我可以给出思路。
1 整理vcf,成为csv。
2哪家vcf?outlook的?找找ps导出导出vcf的模块。

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发表于 2017-08-18 13:56 |显示全部楼层
回复 8# 本友会机友会摄友会

谢谢您的建议,我会参考学习的,再次感谢!
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