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查看: 4020 | 回复: 4

提取文件中相同元素的每一行 [复制链接]

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发表于 2017-10-05 19:44 |显示全部楼层
文件out.txt:
samplt  pos  ref  alt  L1  L2 L3 L4
A          23   A     C  AA  AA GG CC
B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
C          12   T     A   TA   TA   TA  TA
D          13   T     G   TT   TG   TG  TT   

输出:L1-L4元素相同的行
结果:
  B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
  C          12   T     A   TA   TA   TA  TA


请各位大神指点!

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日期:2015-09-24 06:20:00
发表于 2017-10-05 23:17 |显示全部楼层
  1. #!/usr/bin/perl
  2. use strict;
  3. use warnings;

  4. while(<DATA>){
  5.         my %last4 = map {$_, 1} (split)[-4 .. -1];
  6.         next if(1 < keys %last4);
  7.         print;
  8. }

  9. __DATA__
  10. A          23   A     C  AA  AA GG CC
  11. B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
  12. C          12   T     A   TA   TA   TA  TA
  13. D          13   T     G   TT   TG   TG  TT
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2015年辞旧岁徽章
日期:2015-03-03 16:54:15
发表于 2017-10-11 12:40 |显示全部楼层
非生物信息专业,没听懂你说的【元素相同】是什么意思,瞎猜一个,是这个意思吗?

  1. $ cat in.txt
  2. samplt  pos  ref  alt  L1  L2 L3 L4
  3. A          23   A     C  AA  AA GG CC
  4. B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
  5. C          12   T     A   TA   TA   TA  TA
  6. D          13   T     G   TT   TG   TG  TT

  7. $ cat in.txt | perl -lne 'print if /([TCGA]+)\s+\1\s+\1\s+\1/'
  8. B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
  9. C          12   T     A   TA   TA   TA  TA
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发表于 2017-10-11 14:09 |显示全部楼层

  1. awk '{for(i=5;i<NF;i++)if($i!=$(i+1))next}1' out.txt
复制代码

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发表于 2017-10-16 11:26 |显示全部楼层
回复 3# flw

没看明白,楼主给详细解释一下呗。
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