提取文件中相同元素的每一行

风信子_cnblue

文件out.txt:
samplt  pos  ref  alt  L1  L2 L3 L4
A          23   A     C  AA  AA GG CC
B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
C          12   T     A   TA   TA   TA  TA
D          13   T     G   TT   TG   TG  TT   

输出：L1-L4元素相同的行
结果：
  B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
  C          12   T     A   TA   TA   TA  TA


请各位大神指点！

sunzhiguolu

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. while(<DATA>){
   
6.         my %last4 = map {$_, 1} (split)[-4 .. -1];
   
7.         next if(1 < keys %last4);
   
8.         print;
   
9. }
   
10. 
    
11. __DATA__
    
12. A          23   A     C  AA  AA GG CC
    
13. B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
    
14. C          12   T     A   TA   TA   TA  TA
    
15. D          13   T     G   TT   TG   TG  TT
    

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flw

非生物信息专业，没听懂你说的【元素相同】是什么意思，瞎猜一个，是这个意思吗？

1. $ cat in.txt
   
2. samplt  pos  ref  alt  L1  L2 L3 L4
   
3. A          23   A     C  AA  AA GG CC
   
4. B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
   
5. C          12   T     A   TA   TA   TA  TA
   
6. D          13   T     G   TT   TG   TG  TT
   
7. 
   
8. $ cat in.txt | perl -lne 'print if /([TCGA]+)\s+\1\s+\1\s+\1/'
   
9. B          23   T     G  TT   TT   TT  TT
   
10. C          12   T     A   TA   TA   TA  TA

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moperyblue

1. awk '{for(i=5;i<NF;i++)if($i!=$(i+1))next}1' out.txt

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灿烂小猪

回复 3# flw

没看明白，楼主给详细解释一下呗。