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查看: 2234 | 回复: 3

一个提取脚本搞不定 [复制链接]

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发表于 2017-12-11 21:21 |显示全部楼层
文件一
起始位点     终止位点   基因ID
3644180        3644182 AT1G10920
4140216        4140218 AT1G12210
4144257        4144259 AT1G12220
4174875        4174878 AT2G12280
4177917        4177919 AT2G12290


文件二
染色体 单个位点   甲基化 未甲基化
1        3644180        0        3
1        3644182        1        1
1        4140216        0        2

1        4140217        0        2
1        4140218        0        1
1        4144257        0        2
1        4144259        2        3
1        4174875        0        1
1        4174876        1        2
1        4174878        0        1
1        4177917        0        3
1        4177919        0        2

我现在需要计算每个染色体上的甲基化水平,我自己一个思维就是
第一步:文件二中的单个位点匹配文件一中的起始位点,然后再匹配终止位点。
第二步:将二者中间的行放进一个数组,再在数组里求甲基化水平。问题是我现在没办法进行第一步。

或许我这个思维开始就不对?

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发表于 2017-12-11 21:36 |显示全部楼层
下面的染色体忘记改了
2        4174875        0        1
2        4174876        1        2
2        4174878        0        1
2        4177917        0        3
2        4177919        0        2

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日期:2014-02-26 12:06:59
发表于 2017-12-12 09:28 |显示全部楼层
回复 1# 斯达本的秘密花园

>> ..我现在需要计算每个染色体上的甲基化水平

文件二
染色体 单个位点   甲基化 未甲基化
1        3644180        0        3
1        3644182        1        1
1        4140216        0        2
1        4140217        0        2
1        4140218        0        1
1        4144257        0        2
1        4144259        2        3

2        4174875        0        1
2        4174876        1        2
2        4174878        0        1
2        4177917        0        3
2        4177919        0        2


文件二累加即可

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发表于 2017-12-12 11:23 |显示全部楼层
回复 3# jason680

非常感谢大神能帮助解决问题,没有说清楚,实在是抱歉,问题现已解决,您讲的有道理,多写才能知道结果。
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