关于hash的问题求助

niuguohao

我有大概这样一个文件，里面共有3列：（第一列为染色体编号；第二列为位置号（一二列合起来相当于一个坐标，是唯一的）；第三列为对应碱基）
1  123   A
1  124   T
2  125   T
2  567   G
还有另一文件：共102列
1  123   NA   NA   NA   A  T  G  C  NA ……
1  124   G     T  NA    T   T   T   NA   C ……
2  125   T     NA   NA   A  T  G……
2  567   C     G   NA   A  T  G……

希望能把第二个文件中NA替换掉，改成第一个文件中的第三列的碱基，而原本有碱基的则不改变，写了好久都不对，恳请各位前辈赐教该如何写这个脚本？

sunslj

把第一个文件的前两列做key,第三列做value。读取第二个文件时，循环2。。101，匹配‘NA’，替换成哈希值

niuguohao

非常感谢您的回复！但是好像还有一点点小问题，最后得到的结果文件只有三列，应该是只替换了每行的第一个NA ?
麻烦大神指点~~

OUT结果如下：
[niuguohao@su01 new]$ more out.vcf
BAUE01023895.1  11793   A
BAUE01023895.1  11796   A
BAUE01023895.1  11805   A
BAUE01023895.1  13077   C
BAUE01023895.1  13349   A
BAUE01023895.1  13364   C
BAUE01023895.1  1472    C
BAUE01023895.1  1492    C
BAUE01023895.1  16762   C
BAUE01023895.1  18222   G
BAUE01023895.1  18465   G
BAUE01023895.1  18466   T
BAUE01023895.1  18498   G
BAUE01023895.1  18665   G
BAUE01023895.1  18677   C
BAUE01023895.1  18683   C
BAUE01023895.1  18687   T
……

niuguohao

sunslj 发表于 2018-01-03 17:35
把第一个文件的前两列做key,第三列做value。读取第二个文件时，循环2。。101，匹配‘NA’，替换成哈希值

非常感谢您的回复！但是好像还有一点点小问题，最后得到的结果文件只有三列，应该是只替换了每行的第一个NA ?
麻烦大神指点~~

OUT结果如下：
[niuguohao@su01 new]$ more out.vcf
BAUE01023895.1  11793   A
BAUE01023895.1  11796   A
BAUE01023895.1  11805   A
BAUE01023895.1  13077   C
BAUE01023895.1  13349   A
BAUE01023895.1  13364   C
BAUE01023895.1  1472    C
BAUE01023895.1  1492    C
BAUE01023895.1  16762   C
BAUE01023895.1  18222   G
BAUE01023895.1  18465   G
BAUE01023895.1  18466   T
BAUE01023895.1  18498   G
BAUE01023895.1  18665   G
BAUE01023895.1  18677   C
BAUE01023895.1  18683   C
BAUE01023895.1  18687   T
……

niuguohao

非常不好意思，谢谢大神！！！代码是对的，我自己搞错了。非常感谢！！！