关于文件间字符替换问题

niuguohao

我有这样一个文件：（每行一个字符）
A
T
G
G
T
A
…
还有另一个文件：（每行有102个字符，其中有一部分为NA）
1  123   NA   NA   NA   A  T  G  C  NA ……
1  124   G     T  NA    T   T   T   NA   C ……
2  125   T     NA   NA   A  T  G……
2  567   C     G   NA   A  T  G……

这两个文件的行数是一样且对应的，想把下面的文件中的NA项替换为上面文件中对应行的字母，本人刚刚开始接触相克很久没有思路，请问各位该怎样写脚本呢？万分感谢！