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查看: 2587 | 回复: 5

我调用R的程序非常慢 [复制链接]

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发表于 2018-01-27 15:07 |显示全部楼层
本帖最后由 pony2001mx 于 2018-01-27 15:10 编辑

大家好:

我有一个程序,调用R进行fisher exact检验,但我的程序运行非常慢。请高手指教!非常谢谢!

  1. 输入文件格式如下(这个文件比较大)
  2. 43  56  100  120
  3. 50  10  298  50
  4. ... ...
复制代码

  1. 主程序如下
  2. #!/user/bin/perl
  3. use strict;
  4. use warnings;

  5. open IN, $ARGV[0];
  6. while (<IN>){
  7.     chomp;
  8.     my ($a, $b, $c, $d) = split;
  9.     open FE, ">","tmp.r";
  10.     print FE "fisher.test(matrix(c($a,$b,$c,$d),nrow=2))"; #输出到tmp.r文件
  11.     close FE;

  12.     open TMP, "R --vanilla --quiet --slave < tmp.r |";  #用R运行tmp.r文件
  13.     while(<TMP>){
  14.         next unless /p-value/;
  15.         my @row  = split;
  16.         my $pval = $row[-1];  #得到fisher exact检验的p-value
  17.         print "$a $b $c $d $pval\n"; #输出结果
  18.     }
  19.     close TMP;
  20. }
复制代码



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发表于 2018-01-27 16:13 |显示全部楼层
try this on command line

$ time R --vanilla --quiet --slave < tmp.r

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发表于 2018-01-27 16:47 |显示全部楼层
回复 2# jason680

谢谢!我还是不太明白为什么在R前加time。我想使我的程序运行更快,求解决方法,谢谢!!

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射手座
日期:2014-10-10 15:59:4715-16赛季CBA联赛之上海
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发表于 2018-01-30 10:51 |显示全部楼层
回复 1# pony2001mx

为啥不直接用R算呢?

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发表于 2018-02-02 19:15 |显示全部楼层
为啥不直接用perl算呢?

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发表于 2018-02-13 16:08 |显示全部楼层
回复 3# pony2001mx

他的意思是让你先确认时间都花在哪儿了
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