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查看: 747 | 回复: 1

[文本处理] 如何根据一个文件将另一文件中相同的名称替换掉 [复制链接]

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发表于 2018-04-09 20:50 |显示全部楼层
A文件有3列,分别为序列,序列长度,注释信息
seq1   3741    AP_crm
seq2        10748   GAG_del/AP_del/RNaseH_del/RNaseH_osvaldo/RNaseH_galadriel/RNaseH_athila
seq3        14577   AP_caulimoviridae_dom2/AP_del
seq4   9396    GAG_del/AP_del/INT_reina
seq5   5287    AP_crm/INT_crm/INT_pyggy/INT_del
seq6  6797    GAG_crm/AP_crm/RNaseH_pyggy/RNaseH_TF/RNaseH_osvaldo/RNaseH_reina/RNaseH_c
seq7  14569   INT_athila
B文件
AP_crm   AP
GAG_del   GAG
AP_del   AP
RNaseH_del   RH
RNaseH_athila   RH
AP_del   AP
INT_crm   INT
INT_pyggy   INT
GAG_crm   GAG
RNaseH_TF   RH
RNaseH_c   RH
RNaseH_osvaldo   RH
RNaseH_galadriel   RH
INT_reina   INT
INT_del   INT
问题:如何根据B文件的第一列将A文件中第3列相同的注释信息替换成B文件的第二列?

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发表于 2018-04-09 23:40 |显示全部楼层
本帖最后由 jason680 于 2018-04-10 12:03 编辑

回复 1# 小小脑

$ awk 'func x(v){return a[v]?a[v]:v}FNR==NR{a[$1]=$2;next}{t=split($3,d,"/");$3=x(d[1]);for(n=2;n<=t;n+=1)$3=$3"/"x(d[n]);print}' B A
seq1 3741 AP
seq2 10748 GAG/AP/RH/RH/RH/RH
seq3 14577 AP_caulimoviridae_dom2/AP
seq4 9396 GAG/AP/INT
seq5 5287 AP/INT/INT/INT
seq6 6797 GAG/AP/RNaseH_pyggy/RH/RH/RNaseH_reina/RH
seq7 14569 INT_athila
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