如何提取指定文职的序列

小小脑

我有两个文件A文件是序列，B文件是三列，分别是序列号，起始位置，终止位置。如何根据B文件从A文件中将㤡提取出来得到C文件
A文件
>1
CCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCTCTGAATCCTTAATCCCTAAATCCCTAAATCTTTAAATCCTACATCCAT
GAATCCCTAAATACCTAATTCCCTAAACCCGAAACCGGTTTCTCTGGTTGAAAATCATTGTGTATATAATGATAATTTT
ATCGTTTTTATGTAATTGCTTATTGTTGTGTGTAGATTTTTTAAAAATATCATTTGAGGTCAATACAAATCCTATTTCT
TGTTTATGTTTGGACATTTATTGTCATTCTTACTCCTTTGTGGAAATGTTTGTTCTATCAATTTATCTTTTGTGGGAAAATTATT
>2
ATCGTTTTTATGTAATTGCTTATTGTTGTGTGTAGATTTTTTAAAAATATCATTTGAGGTCAATACAAATCCTATTTCT
TGTGGTTTTCTTTCCTTCACTTAGCTATGGATGGTTTATCTTCATTTGTTATATTGGATACATCTCAAGAATCTTATTA
TGTTTGGACATTTATTGTCATTCTTACTCCTTTGTGGAAATGTTTGTTCTATCAATTTATCTTTTGT
>3
TCTCAAGAATCTTATTAATTGTTTGGACTGTTTAGTGTAGATTTTTTAAAAATATATTGGATACATCTCAAGAATCTTA
TGTTTGGACATTTATTGTCATTCTTACTCCTTTGTGGAAATGTTTGTTCTATCAATTTATCTTTTGTATTGCTTATTGTT
GT
B文件
1   1     16
2   2     13
2   4     25
3   1     15
得到C文件如下
>1_1_16
CCCTAAACCCTAAACC
>2_2_13
TCGTTTTTATGT
>2_4_25
GTTTTTATGTAATTGCTTATT
>3_1_15
TCTCAAGAATCTTAT
谢谢！

zxy877298415

回复 1# 小小脑

1. awk -F ">| +" 'FNR==NR{if($0~/>/) {t=$2} else {a[t]=a[t]?a[t]$0:$0};next}{printf ">"gensub(" +","_","G",$0)"\n"($2==1?substr(a[$1],$2,$3)"\n":substr(a[$1],$2,$3-1)"\n")}'  a b

复制代码

wh7211

回复 1# 小小脑

1. awk 'FILENAME==ARGV[1]{if($0~">"){sub(">","");a=$0};b[a]=$0;next}{print ">"$1"_"$2"_"$3"\n"substr(b[$1],$2,$3-($2-1))>"C"}' A B
   
2. cat C
   
3. >1_1_16
   
4. CCCTAAACCCTAAACC
   
5. >2_2_13
   
6. TCGTTTTTATGT
   
7. >2_4_25
   
8. GTTTTTATGTAATTGCTTATTG
   
9. >3_1_15
   
10. TCTCAAGAATCTTAT

复制代码